Chodzi o art. 31 ust. 1 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=0DFDC95C877744ACE50F2CA9DE504009?id=172008]ustawy o kontroli skarbowej[/link] w zakresie, w jakim wyłącza on stosowanie go do art. 54 § 1 pkt 1 i pkt 7 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=BBBDB8F898095842A57F408BDD32183D?id=176376]ordynacji podatkowej[/link]. Przepisy te wymieniają okresy, za jakie od zaległości podatkowych nie pobiera się odsetek za zwłokę. Nie nalicza się ich m.in. za czas od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu I instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie trzech miesięcy. Przepis ten nie dotyczył jednak postępowania prowadzonego przez urząd kontroli skarbowej.

W efekcie naliczanie odsetek za przedłużające się postępowanie zależało od tego, jaki organ sprawdzał podatnika. Jeśli urząd skarbowy, odsetek się nie naliczało. Inaczej było jednak, gdy postępowanie prowadzili inspektorzy urzędu kontroli skarbowej. 

Przepisy te zmieniły się 1 lipca 2010 r. Organ kontroli skarbowej nie może naliczać odsetek od dnia wszczęcia postępowania do dnia doręczenia decyzji wydanej w pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie zostanie doręczona w terminie sześciu miesięcy. Wynika tak z dodanych do art. 24 ustawy o kontroli skarbowej ust. 3 i 4, które miały zapobiegać przedłużaniu procedur. Jest to okres dwa razy dłuższy niż przewidziany dla czynności prowadzonych przez urzędy skarbowe.

Skarga konstytucyjna dotyczy spółki, której urząd kontroli skarbowej zakwestionował rozliczenie VAT i CIT. W toku postępowania dokonano zabezpieczenia należności na majątku spółki. Fiskus zajął 10 mln zł na jej rachunku bankowym. Nie przerwało to jednak biegu naliczania odsetek za zwłokę. Spółka zapłaciła zaległości wraz z odsetkami ze środków, które były objęte zabezpieczeniem. Odwołała się od tych decyzji, jednak zarówno WSA, jak i NSA przyznały rację fiskusowi. Teraz sprawą zajmie się Trybunał Konstytucyjny.

– Uzależnienie sposobu naliczania odsetek za zwłokę od rodzaju organu skarbowego prowadzącego postępowanie należy uznać za nieuzasadnione. Zmiana przepisów nie objęła jednak podmiotów, które wcześniej już zawyżone odsetki za zwłokę zapłaciły. Pozytywne rozpatrzenie skargi konstytucyjnej będzie dla nich szansą na odzyskanie nadpłaconych kwot. Poparcie skargi konstytucyjnej przez Sejm, prokuratora generalnego oraz rzecznika praw obywatelskich dobrze dla nich rokuje – mówi pełnomocnik spółki Ireneusz Krawczyk z Kancelarii Ożóg i Wspólnicy.