Jak wynika z opublikowanego raportu firmy doradczej Deloitte opublikowanego 12 maja 2009 r., w I kwartale 2009 r. liczba nowych zezwoleń na działalność w specjalnych strefach ekonomicznych (SSE) zmniejszyła się dwukrotnie w porównaniu z tym samym okresem 2008 r. Wartość inwestycji spadła sześciokrotnie.

Pod koniec 2008 r. wprowadzono co prawda zmiany, które miały zwiększyć atrakcyjność SSE, m.in. przedłużono ich działalność o trzy lata, do końca 2020 r., dotyczą one jednak tylko kilku procent nowych firm, które uzyskały pozwolenie na działalność po 4 sierpnia 2008 r.

Marek Sienkiewicz, menedżer w dziale doradztwa podatkowego Deloitte, obawia się, że przez kryzys aż jedna trzecia firm w SSE nie spełni warunków określonych w zezwoleniu (m. in. dotyczących liczby zatrudnionych) i straci przez to prawo do zwolnienia podatkowego. – Może to oznaczać dopłatę podatku wraz z odsetkami – powiedział.

– Żeby zapobiec dalszemu spadkowi inwestycji, konieczne są kolejne zmiany przepisów, nie tylko strefowych, lecz także podatkowych – dodaje Tomasz Konik, dyrektor w Deloitte.

[b]Firmy działające w strefach skarżą się, iż w przeciwieństwie do zwykłych przedsiębiorstw nie mogą odliczyć strat [/b]za poprzednie lata od osiągniętego później dochodu. Taki zakaz nie wynika jednak z przepisów, ale z niekorzystnych interpretacji urzędów. Dużym utrudnieniem jest też ustalenie, które z osiągniętych przez te firmy przychodów są zwolnione z podatku, a które – jako działalność poboczna – opodatkowane. Nie wiadomo też często, według jakiej metody ustalić moment poniesienia wydatków – kasowej czy memoriałowej.