Wysokość nadpłaty jest określana przez organ podatkowy w decyzji (po zweryfikowaniu wniosku). Może się jednak zdarzyć, że organ zwróci nadpłatę bez wydania decyzji (gdy prawidłowość skorygowanej deklaracji nie będzie budzić wątpliwości). W takim uproszczonym trybie zdarzają się jednak pomyłki. Dlatego w art. 75 § 5 ordynacji podatkowej przewidziano ochronę dla podatnika. Przepis ten mówi, że gdy zwrotu nadpłaty dokonano nienależnie lub w wysokości wyższej od należnej, od kwoty nadpłaty podlegającej zwrotowi nie nalicza się odsetek za zwłokę. W tym zakresie nie wszczyna się postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe.
[srodtytul]Czynności poprzedzające [/srodtytul]
Zwrot nadpłaty poprzedza badanie, czy przedsiębiorca nie zalega z innymi podatkami. W takim przypadku nadpłata wraz z jej oprocentowaniem (jeśli będzie ono należne) z urzędu zostałaby zaliczona na poczet tej zaległości wraz z odsetkami za zwłokę. W razie braku zaległości i bieżących zobowiązań nadpłata podlegać będzie zwrotowi z urzędu. Podatnik jest jednak uprawniony do złożenia wniosku o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.
Zaliczenie to nastąpi dopiero z dniem złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W sprawie zaliczenia organ podatkowy wydaje postanowienie, na które przysługuje zażalenie.
[srodtytul]Termin i forma zwrotu [/srodtytul]