Niejasna redakcja przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej ustawa o CIT) dotyczących cen transferowych uniemożliwia jednoznaczne stwierdzenie, czy refakturowanie kosztów może odbyć się na zasadzie jedynie bezpłatnego przerzucenia kosztów z jednego podmiotu na drugi, czy też niezbędne jest dodatkowe wynagrodzenie.
Zgodnie bowiem z art. 11 ust. 1 ustawy o CIT, jeżeli w wyniku powiązań zostaną ustalone lub narzucone warunki różniące się od warunków, które ustaliłyby pomiędzy sobą niezależne podmioty, i przedsiębiorca nie wykazuje dochodów bądź wykazuje dochody niższe od tych, jakich należałoby oczekiwać, gdyby powiązania nie istniały – organy podatkowe mają prawo ustalić jego dochód bez uwzględnienia warunków wynikających z tych powiązań. Jest to więc niezwykle daleko idąca kompetencja, pozwalająca organom podatkowym określić dochód podatnika z pominięciem ksiąg rachunkowych.
Szacując dochody, organy podatkowe zobligowane są do posługiwania się określonymi w ustawie o CIT metodami wyceny transferu – zasadniczo tradycyjnymi (metody porównywalnej ceny niekontrolowanej, ceny odprzedaży, rozsądnej marży „koszt plus”), a w przypadkach gdy nie jest to możliwe – metodami zysku transakcyjnego (metody marży transakcyjnej netto oraz podziału zysku).
Refaktura kosztów na rzecz spółki powiązanej może się wiązać z ryzykiem, że przyjęty sposób rozliczeń odbiega od tego, jaki byłby akceptowalny przez niezależną firmę i w związku z tym brak wynagrodzenia dla spółki może być kwestionowany jako niezgodny z zasadą pełnej konkurencji, wyrażoną w art. 11 ust. 1 ustawy o CIT. Ocenę tego, czy istotnie między warunkami uzgodnionymi przez strony a powołaną zasadą zachodzi taka niezgodność, organy podatkowe powinny przeprowadzić przy uwzględnieniu całokształtu okoliczności faktycznych dotyczących transakcji.
Na pojawiające się pytanie, z marżą czy bez, doktryna nie odpowiada jednoznacznie. Dużą wagę przypisuje się zaangażowaniu w transakcji spółki refakturującej koszty i w zależności od jego skali postuluje się naliczanie na jej rzecz dodatkowego wynagrodzenia albo też za wystarczające uważa się wyłącznie pokrycie całości lub uzasadnionej części kosztów.
Jeżeli zatem zaangażowanie spółki w związku z nabywaniem towarów lub usług obejmuje dokonanie wyboru firmy zewnętrznej, negocjowanie warunków umowy oraz jej obsługę i jednocześnie związane jest z określonymi kosztami i ryzykiem, okoliczności te powinny być uwzględnione przy ustalaniu wysokości wzajemnych rozliczeń pomiędzy powiązanymi przedsiębiorstwami, a wykonywanie tych czynności powinno być związane z adekwatnym wynagrodzeniem. Jednak refakturowanie takiego wynagrodzenia nie przewiduje, co może powodować ryzyko zakwestionowania warunków transakcji >patrz przykład.