Sankcja nie grozi osobom fizycznym, które są podatnikami VAT (co po wyrokach Trybunału Konstytucyjnego akceptuje nawet fiskus). Wszyscy inni muszą liczyć się z tym, że w określonych wypadkach nieprawidłowe rozliczenie VAT może skończyć się nałożeniem 30 proc. sankcji. Praktyka pokazuje jednak, że organy podatkowe wymierzają ją w sposób nieuzasadniony. Pomijając bowiem wszelkie wątpliwości dotyczące zgodności przepisów o sankcji VAT z odpowiednimi normami prawa wspólnotowego, warto zwrócić uwagę na sytuację podatników, którzy nie wykonując w danym okresie rozliczeniowym żadnych czynności opodatkowanych lub nie wykazując podatku należnego, występują o zwrot nadwyżki VAT na rachunek bankowy.
Najczęstszą przyczyną błędu podatnika, prowadzącą do zadeklarowania zwrotu VAT zamiast kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, jest niewykonanie czynności opodatkowanych w danym okresie rozliczeniowym. Jak mówi bowiem art. 86 ust. 19 ustawy o VAT, w takim wypadku kwotę podatku naliczonego przenosi się do rozliczenia w następnym okresie rozliczeniowym.
Trzeba jednak odróżnić brak czynności opodatkowanej w danym okresie rozliczeniowym od braku obowiązku podatkowego i podatku należnego z wykonania takiej czynności w tym czasie.
Ustawa o VAT mówi o licznych przypadkach, kiedy dochodzi do wykonania czynności opodatkowanej, co jednak nie musi powodować powstania obowiązku podatkowego w tym samym okresie (np. usługi najmu czy budowlane). Potwierdził to również WSA w Warszawie w wyroku z 21 grudnia 2007r. (III SA/Wa 1813/07), stwierdzając, że wykonanie czynności opodatkowanej w danym okresie rozliczeniowym nie jest równoznaczne z powstaniem obowiązku podatkowego i wystąpieniem podatku należnego z tego tytułu w tym samym okresie.
Patrząc jednak na praktykę organów podatkowych i wynikające z niej orzecznictwo sądów administracyjnych, nie trudno zauważyć, że fiskus za podstawę nałożenia sankcji przyjmuje wystąpienie o bezpośredni zwrot VAT zamiast wykazania kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy. Co innego wynika jednak z ustawy. Art. 109 ust. 5 mówi, że sankcja powinna być nałożona w razie wystąpienia o zwrot w kwocie „wyższej od kwoty należnej”. To że podatnik występuje o zwrot bezpośredni, zamiast wykazać kwotę do rozliczenia w następnym okresie rozliczeniowym, w żaden sposób nie świadczy o zasadności wykazanej kwoty do zwrotu. Co najwyżej warunkuje to prawidłowość terminu, w którym podatnik ubiega się o zwrot bezpośredni.