Firmy, które otrzymują status zakładu pracy chronionej (zpchr) mają obowiązek tworzenia zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych (zfron). Mówi o tym art. 33 ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (ustawa o rehabilitacji). Fundusz taki tworzony jest po to, by finansować rehabilitację zawodową, społeczną i leczniczą oraz ubezpieczenia osób niepełnosprawnych zgodnie z zakładowym regulaminem wykorzystania tych środków. Dla środków tych przedsiębiorca powinien mieć odrębny rachunek bankowy.
Zfron nie jest jednak w przepisach podatkowych traktowany tak jak zakładowy fundusz świadczeń socjalnych. W myśl art. 12 ust. 4 pkt 5 ustawy o CIT oraz art. 14 ust. 3 pkt 5 ustawy o PIT do przychodów nie są zaliczane te, które w rozumieniu ustawy o zakładowym funduszu świadczeń socjalnych zwiększają ten fundusz. Dla zfron takich uregulowań jednak brak. A to powoduje, że środki zewnętrzne zasilające ten fundusz, mimo że zwiększają jego wielkość, stanowią jednocześnie przychód podatkowy.
Przychodem nie są jedynie środki zwiększające fundusz z tytułu zwolnień z podatków (dotyczą one w praktyce podatku od nieruchomości, od wynagrodzeń pracowników oraz podatku od czynności cywilnoprawnych). Prowadzący zakład pracy chronionej przekazuje środki ze zwolnień z podatków na zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych (art. 31 ust. 1 i 3 ustawy o rehabilitacji). Na mocy posiadanego zwolnienia przesuwa 90 proc. środków, które powinien wpłacić do organu podatkowego z rachunku obrotowego na rachunek bankowy, zwiększając jednocześnie wielkość funduszu. Pozostałe 10 proc. wpłaca do Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (PFRON). Ponieważ są to środki wewnętrzne, które podatnik i tak posiada, nie powodują one powstania przychodu.
Zwiększenie zfron o różnicę między przysługującą kwotą dofinansowania a kwotą wynagrodzenia osiąganego przez pracownika następuje ze środków zewnętrznych otrzymywanych z PFRON. Do 31 grudnia 2006 r. wszelkie dofinansowania otrzymywane z PFRON były zwolnione z podatku dochodowego. Teraz są opodatkowane. Ponieważ środki te nie stanowią wynagrodzenia za wykonane usługi, dostarczone towary lub dokonaną sprzedaż praw majątkowych, przychód podatkowy występuje w dacie wpływu środków na rachunek bankowy (art. 14 ust. 1i ustawy o PIT oraz art. 12 ust. 3e ustawy o CIT). Z tych powodów wpłaty dofinansowań otrzymane w 2007 r. jeszcze na poczet 2006 r. były już opodatkowane.
Wyjątkowo zwolniona może być ta część dofinansowania wynagrodzeń pracowników zwiększająca zfron, która zostanie przeznaczona na zakup środków trwałych. Zgodnie bowiem z art. 14 ust. 3 pkt 2 ustawy o PIT lub art. 17 ust. 1 pkt 21 ustawy o CIT nie są przychodem podatkowym wszelkie dotacje, subwencje, dopłaty przeznaczone na zakup środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych. O przeznaczeniu otrzymanego dofinansowania warto jednak zdecydować od razu. Późniejsza jego zmiana może być bowiem przyczyną korekty (i to w obie strony, tzn. uznania środków opodatkowanych za zwolnione lub odwrotnie).