Dodatkowe zobowiązanie VAT stanowi formę podatku. Przemawia za tym wiele argumentów. Przede wszystkim w art. 109 ust. 4 i 5 ustawy o VAT mamy sformułowanie „naczelnik urzędu skarbowego lub organ kontroli skarbowej ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe”. Słowo „ustala” ściśle koresponduje z art. 21 §1 pkt 2 ordynacji podatkowej (op), mówiącym o powstaniu zobowiązania podatkowego w drodze doręczenia decyzji ustalającej wysokość tego zobowiązania. Z kolei zwrot „zobowiązanie podatkowe” został zdefiniowany w art. 5 op. Terminologia ta nie pozostawia wątpliwości, że dodatkowe zobowiązanie VAT ma charakter zobowiązania podatkowego, powstającego na mocy ustalającej je decyzji. Gdyby ustawodawca chciał ustanowić sankcję administracyjną, nie użyłby terminologii, którą sam zdefiniował jako przynależną zobowiązaniom podatkowym.
Dodatkowe zobowiązanie ma też pewne cechy represyjne. Przede wszystkim zdarzeniem uprawniającym do wydania ustalającej je decyzji jest popełnienie przez podatnika błędu w deklaracji. Jednak pewne analogie między dodatkowym zobowiązaniem podatkowym i sankcjami administracyjnymi (np. mandatem karnym) nie mogą przeważać wobec spójnych i jednoznacznych argumentów wykładni literalnej, celowościowej i systemowej. Nie do przyjęcia jest bowiem teza, że zobowiązanie podatnika, określone w ustawie o VAT i nazwane przez ustawodawcę „zobowiązaniem podatkowym”, nie jest jednak w swej istocie zobowiązaniem podatkowym i nie powinno być jako takie traktowane.
Za podatkowym charakterem dodatkowego zobowiązania opowiedział się m.in. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi. W postanowieniu z 15 lutego 2006 r. (I SA/Łd 1089/05) stwierdził, że „mimo sporu w piśmiennictwie prawniczym co do charakteru dodatkowego zobowiązania podatkowego, a mianowicie czy jest ono formą podatku, czy też raczej formą kary pieniężnej, należy opowiedzieć się za pierwszym z tych stanowisk, znajdującym swój wyraz także w orzecznictwie sądów administracyjnych. Świadczenie spełniane w wyniku ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego ma cechy podatku określone w art. 6 ordynacji podatkowej, a samo dodatkowe zobowiązanie podatkowe jest następstwem określonego w ustawie podatkowej obowiązku podatkowego. Oceny tej nie zmienia fakt, że dodatkowe zobowiązanie podatkowe ma także cechy represji karnej, a celem jego stosowania jest zapobieganie nieprawidłowościom w zakresie prowadzenia ewidencji i deklarowania zobowiązań podatkowych”.
Zgodnie z art. 2 pierwszej dyrektywy VAT (ale również regulacjami dyrektywy 112) podstawowymi cechami podatku od wartości dodanej są: powszechność, proporcjonalność, faktyczne opodatkowanie konsumpcji i opodatkowanie wszystkich etapów obrotu. Cechy te mają dotyczyć wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, w tym polskiego VAT.
Zasada neutralności VAT oznacza dla podatnika, że prawidłowa wykładnia art. 2 pierwszej dyrektywy wyklucza stosowanie instytucji prawa podatkowego powodujących faktyczne poniesienie ciężaru przez podatnika. Dodatkowe zobowiązanie nakładane art. 109 ust. 4 i 5 ustawy o VAT niewątpliwie narusza tę zasadę. Zobowiązanie to spoczywa bowiem na podatniku i w żaden sposób nie może być przez niego odzyskane.