Podatnicy karty podatkowej nie wpłacają w ciągu roku zaliczek. Płacą za to co miesiąc podatek w wysokości określonej w decyzji naczelnika urzędu skarbowego. Jego wysokość ustalana jest odrębnie na każdy rok. Wynika to z art. 30 ust. 1 ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne. Przepis ten mówi, że naczelnik urzędu skarbowego, uwzględniając wniosek o zastosowanie karty podatkowej (PIT-16), wydaje decyzję ustalającą wysokość podatku dochodowego w formie karty, odrębnie na każdy rok podatkowy. Gdy działalność prowadzona jest w formie spółki, w decyzji tej wymienieni będą wszyscy jej wspólnicy.
Płacący kartę podatkową nie muszą co do zasady składać zeznań podatkowych. Nie oznacza to jednak, że nie mają żadnych obowiązków. Muszą rozliczyć się z odliczonych od karty podatkowej składek zdrowotnych. Płacony przez nich podatek podlega bowiem obniżeniu o kwotę składki na ubezpieczenie zdrowotne opłaconej w roku podatkowym, zgodnie z przepisami o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych, o ile nie została ona odliczona od podatku dochodowego (art. 31 ustawy). Kwota składki, o którą podatnicy mogą pomniejszyć podatek, wynosi 7,75 proc. podstawy jej wymiaru.
Podatek, pomniejszony o składkę na ubezpieczenie zdrowotne, płacimy na rachunek urzędu skarbowego do siódmego dnia każdego miesiąca, a za grudzień do 28 grudnia. Roczne zestawienie (PIT-16A), w którym podatnik wykazuje wysokość składki na ubezpieczenie zdrowotne, zapłaconej i odliczonej od karty podatkowej w poszczególnych miesiącach roku podatkowego, przygotowuje do 31 stycznia. Oznacza to, że za 2007 r. deklarację taką należy przygotować do 31 stycznia 2008 r.
PIT-16A przedsiębiorca składa po to, by fiskus mógł ustalić, czy różnica między kwotami wpłacanymi w ciągu roku podatkowego za każdy miesiąc a wysokością podatku ustalonego w decyzji podatkowej uzasadniona jest odliczeniem zapłaconych składek.
Wypełniając PIT-16A, należy pamiętać, by wpisać w nim jedynie składki faktycznie zapłacone w roku podatkowym, za który go składamy. Oznacza to, że jeśli przedsiębiorca nie zapłacił chociażby jednej składki i do końca 2007 r. zaległości tej nie uregulował, w PIT-16A składki nie wykazuje. O składkę tę nie powinien też pomniejszać karty podatkowej.
Przy wypełnianiu PIT-16A trzeba zwrócić uwagę na to, by wykazać w niej składkę za grudzień 2006 r. (zapłaconą w styczniu w 2007 r). Składkę za grudzień 2007 r. (zapłaconą w styczniu 2008 r.) podatnik uwzględni dopiero w deklaracji składanej za 2008 r.
PIT-16A to jedna z prostszych deklaracji podatkowych. Przedsiębiorca prócz NIP wpisuje w niej swoje dane identyfikacyjne oraz w części C kwoty składek (oddzielnie zapłacone i odliczone). Wypełniając część C, trzeba pamiętać, że podstawa wymiaru składki dla ubezpieczonych od 1 stycznia 2007 r. wynosi 9 proc. Podatnik może jednak odliczyć od podatku tylko 7,75 proc. podstawy wymiaru składki określonej w przepisach o ubezpieczeniu społecznym. Nie odliczy więc całej zapłaconej składki. Powinien też pamiętać, by kwota odliczanej składki nie była wyższa od należnego za dany miesiąc podatku.
Przedsiębiorca składa deklarację do właściwego urzędu skarbowego. Przy podatku dochodowym w formie karty podatkowej będzie to urząd skarbowy miejsca położenia zorganizowanego zakładu, wskazanego w zgłoszeniu do ewidencji działalności gospodarczej. Gdy podatnik nie dopełni zgłoszenia działalności do ewidencji lub gdy działalność jest wykonywana bez posiadania zorganizowanego zakładu – właściwy jest urząd miejsca zamieszkania podatnika lub siedziby spółki, a jeśli nie można ustalić siedziby spółki – urząd skarbowy miejsca zamieszkania jednego ze wspólników.
Jeśli podatnik prowadzi działalność w kilku zorganizowanych zakładach na terenie objętym właściwością miejscową kilku naczelników urzędów skarbowych, właściwy urząd skarbowy ustalany będzie według miejsca wskazanego przez przedsiębiorcę jako siedziba działalności.
