Podatnicy karty podatkowej nie wpłacają w ciągu roku zaliczek. Płacą za to co miesiąc podatek w wysokości określonej w decyzji naczelnika urzędu skarbowego. Jego wysokość ustalana jest odrębnie na każdy rok. Wynika to z art. 30 ust. 1 ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne. Przepis ten mówi, że naczelnik urzędu skarbowego, uwzględniając wniosek o zastosowanie karty podatkowej (PIT-16), wydaje decyzję ustalającą wysokość podatku dochodowego w formie karty, odrębnie na każdy rok podatkowy. Gdy działalność prowadzona jest w formie spółki, w decyzji tej wymienieni będą wszyscy jej wspólnicy.
Płacący kartę podatkową nie muszą co do zasady składać zeznań podatkowych. Nie oznacza to jednak, że nie mają żadnych obowiązków. Muszą rozliczyć się z odliczonych od karty podatkowej składek zdrowotnych. Płacony przez nich podatek podlega bowiem obniżeniu o kwotę składki na ubezpieczenie zdrowotne opłaconej w roku podatkowym, zgodnie z przepisami o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych, o ile nie została ona odliczona od podatku dochodowego (art. 31 ustawy). Kwota składki, o którą podatnicy mogą pomniejszyć podatek, wynosi 7,75 proc. podstawy jej wymiaru.
Podatek, pomniejszony o składkę na ubezpieczenie zdrowotne, płacimy na rachunek urzędu skarbowego do siódmego dnia każdego miesiąca, a za grudzień do 28 grudnia. Roczne zestawienie (PIT-16A), w którym podatnik wykazuje wysokość składki na ubezpieczenie zdrowotne, zapłaconej i odliczonej od karty podatkowej w poszczególnych miesiącach roku podatkowego, przygotowuje do 31 stycznia. Oznacza to, że za 2007 r. deklarację taką należy przygotować do 31 stycznia 2008 r.
PIT-16A przedsiębiorca składa po to, by fiskus mógł ustalić, czy różnica między kwotami wpłacanymi w ciągu roku podatkowego za każdy miesiąc a wysokością podatku ustalonego w decyzji podatkowej uzasadniona jest odliczeniem zapłaconych składek.
Wypełniając PIT-16A, należy pamiętać, by wpisać w nim jedynie składki faktycznie zapłacone w roku podatkowym, za który go składamy. Oznacza to, że jeśli przedsiębiorca nie zapłacił chociażby jednej składki i do końca 2007 r. zaległości tej nie uregulował, w PIT-16A składki nie wykazuje. O składkę tę nie powinien też pomniejszać karty podatkowej.
