Jeśli podatnik ponosi niezawinione straty w majątku obrotowym, które są kosztem uzyskania przychodów, stanowisko organów podatkowych co do konsekwencji w VAT jest jednolite i korzystne dla przedsiębiorców.

Czynności podlegające opodatkowaniu wymienia art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT. Są to:

- odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju,

- eksport towarów,

- import towarów,

- wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów za wynagrodzeniem na terytorium kraju,

- wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów.

Dostawę towarów definiuje art. 7 ust. 1 ustawy o VAT. Jest to przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel. Przez świadczenie usług (art. 8 ust. 1) rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie jest dostawą towarów. Stwierdzenie niedoborów nie spełnia żadnej z tych definicji. Nie podlega więc opodatkowaniu VAT.

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia VAT należnego o kwotę podatku naliczonego. W związku z tym przepisem pojawiały się wątpliwości, czy stwierdzenie niedoborów powoduje konieczność skorygowania VAT odliczonego w związku z ich kupnem. Po pewnym czasie wykształciła się jednak korzystna dla podatników wykładnia tego przepisu, zgodnie z którą weryfikacja deklaracji nie jest konieczna. Najistotniejszym warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia VAT naliczonego jest bowiem związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Potwierdza to m.in. interpretacja Izby Skarbowej w Poznaniu z 4 września 2007 r. (ILPP1/443-58/07-3/BD).

Nie zawsze jednak podatnik uniknie korekty. We wspomnianej interpretacji Izba Skarbowa w Poznaniu zwróciła uwagę na ograniczenie prawa do odliczenia. W myśl art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym. Korekta byłaby zatem potrzebna w razie obciążenia kwotą niedoborów pracownika odpowiedzialnego materialnie za powierzony mu majątek. Tak odpowiedział 2 grudnia 2005 r. na pytanie jednego z podatników Pomorski Urząd Skarbowy w Gdańsku (PV/443-407/IV/ 2005/JW.). Zauważył on, że jeśli wartością niedoboru są obciążane osoby odpowiedzialne materialnie, to nie nastąpi zaliczenie wydatków na zakup towarów do kosztów uzyskania przychodów. W konsekwencji powoduje to brak możliwości odliczenia podatku naliczonego podczas zakupu towaru objętego tym niedoborem. Podatnik powinien zrobić korektę w deklaracji za miesiąc, w którym niedobór stwierdzono i zakwalifikowano jako zawiniony – z tą chwilą wydatki przestały stanowić koszt uzyskania przychodów.

To jednak niejedyna możliwa interpretacja, przykładem innej jest pismo Podkarpackiego Urzędu Skarbowego z 14 lutego 2006 r. (PUS. II/443/217/ 2005/JZ). Firma, po przeprowadzonej inwentaryzacji, stwierdziła zawinione przez pracowników niedobory towarów. Za powstałe braki obciążyła osoby materialnie odpowiedzialne w wysokości odpowiadającej cenie sprzedaży brutto tych towarów. Tym razem urząd uznał jednak, że zasada potrącalności VAT, wynikająca z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, ma zastosowanie podczas nabycia towarów dokonanego z zamiarem wykorzystania ich w działalności opodatkowanej. Podkreślił, że ustawa o VAT przewiduje metodę bieżącego odliczania podatku naliczonego. Dlatego też późniejsza utrata przez podatnika towaru, na skutek np. zawinionego przez pracownika niedoboru, nie ma wpływu na wcześniejsze odliczenie.