Opakowania zwrotne mogą być przedmiotem osobnej dostawy lub – jako dodatkowe koszty związane z dostawą towarów – powiększać jej wartość, a tym samym podstawę opodatkowania.Z pierwszą sytuacją mamy do czynienia, gdy strony umowy sprzedaży zakładają późniejszy zwrot opakowań, z drugą – gdy opakowania zwrotne są związane z główną dostawą. Jeśli np. przedmiotem dostawy jest woda mineralna w szklanych butelkach, pakowana w kontenery, a potem na palety i wartość opakowań zwiększa kwotę należną z tytułu dostawy, uwzględnia się ją w cenie towaru i opodatkowuje razem z nim. Na fakturze powinna wtedy znaleźć się jedna pozycja – woda mineralna.
Jeżeli strony umowy zakładają zwrot opakowań, powinny być one traktowane jako odrębna dostawa. W tej sytuacji opakowania są opodatkowane na zasadach ogólnych, a ich wydanie trzeba udokumentować fakturą VAT. Obrotem jest wartość wydanych opakowań zwrotnych (art. 19 ust. 1 ustawy o VAT).
W momencie zwrotu opakowań zastosowanie będzie miał art. 29 ust. 4 ustawy. Przepis ten mówi, że obrót zmniejsza się o kwoty udokumentowanych, prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów, o wartość zwróconych towarów, zwróconych kwot nienależnych w rozumieniu przepisów o cenach oraz zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnych charakterze, a także kwot wynikających z korekt faktur. Zwrot opakowań dostawcy daje zatem uprawnienie do skorygowania faktury związanej z wcześniejszą dostawą.
Dostawcy często obciążają odbiorcę opakowań dodatkową kaucją. Sposób dokumentowania takich transakcji określa § 19 rozporządzenia regulującego zasady wystawiania faktur. Mówi on, że jeśli podatnik sprzedał towar w opakowaniu zwrotnym, pobierając lub określając w umowie za to opakowanie kaucję, wartości opakowania nie uwzględnia się w treści faktury dokumentującej sprzedaż. Wówczas koszt opakowań zwrotnych jest wyłączony z podstawy opodatkowania. Nie są one uwzględniane w treści faktury dokumentującej sprzedaż. Dopiero jeśli odbiorca, który zapłacił kaucję, nie zwróci w późniejszym terminie opakowań, sprzedawca będzie musiał wystawić fakturę dokumentującą kwotę należności za niezwrócone opakowania. Jak mówi bowiem § 19 ust. 2 wspomnianego rozporządzenia, fakturę dokumentującą kwotę należności z tytułu niezwrócenia przez odbiorcę opakowań zwrotnych wystawia się nie później niż siódmego dnia po dniu, w którym umowa przewidywała zwrot opakowań. Jeśli w umowie nie określono daty zwrotu opakowań, fakturę wystawia się nie później niż 60 dnia od dnia wydania opakowań.
Wystawioną fakturę podatnik powinien ująć w prowadzonym przez siebie rejestrze sprzedaży i rozliczyć w deklaracji za okres, w którym ją wystawił. Tym samym wydanie opakowań zwrotnych za kaucją nie powinno być dokumentowane fakturą, lecz wewnętrznym dokumentem księgowym, podobnie jak późniejszy zwrot tych opakowań.
