Na ten temat wypowiedział się Europejski Trybunał Sprawiedliwości w wyrokach z 13 grudnia 1989 r. (sprawa C-342/87 Genius Holding) oraz z 15 marca 2007 r. (sprawa C-35/05 Reemtsma).

Pierwsze z tych orzeczeń dotyczyło holenderskiej spółki. Organ skarbowy ustalił, że kontrahenci spółki nie powinni byli wykazywać VAT od wykonanych na jej rzecz czynności. W efekcie zakwestionował odliczenie VAT, który nie był prawnie należny.

Spółka utrzymywała, że ograniczenie prawa do odliczenia wyłącznie do przypadków, gdy zawarty w otrzymanych fakturach podatek był rzeczywiście należny:

- jest sprzeczne z wprowadzonym przez VI dyrektywę systemem rozliczania podatku naliczonego, który zgodnie z ugruntowaną linią orzeczniczą ETS ma na celu całkowite uwolnienie przedsiębiorców od ciężaru VAT;

- narusza zasadę neutralności VAT, bo zgodnie z przepisami VI dyrektywy sprzedawca obowiązany jest do rozliczenia VAT wykazanego w fakturach także wtedy, gdy podatek nie był prawnie należny;

- stanowi przeszkodę dla swobodnego obrotu gospodarczego, zmuszając przedsiębiorców do weryfikowania, czy VAT zawarty w otrzymanych przez nich fakturach został przez sprzedawców skalkulowany w poprawnej wysokości.

Trybunał nie zgodził się z tą argumentacją.

Uznał, że podatnik ma prawo do odliczenia wyłącznie kwot rzeczywiście stanowiących podatek obciążający (na podstawie właściwych przepisów prawa) zakup towaru/usługi. Co za tym idzie, w świetle VI dyrektywy nie można odliczyć VAT, który stał się należny tylko z tego powodu, że został (błędnie) wykazany na fakturze. Trybunał podkreślił, że nie narusza to zasady neutralności VAT, ponieważ państwa członkowskie powinny umożliwić dostawcy odpowiednią korektę rozliczeń wtedy, gdy omyłkowo uwzględnił wartość podatku należnego na fakturze dokumentującej czynność niepodlegającą opodatkowaniu.

Tomasz Pabiański, konsultant w Zespole ds. Podatków Pośrednich PricewaterhouseCoopers

Treść art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT raczej nie odzwierciedla tez wyrażonych w zaprezentowanych wyżej orzeczeniach ETS. Niemniej przyjęte przez polskiego ustawodawcę rozwiązanie oceniane było powszechnie jako racjonalne i wychodzące (przynajmniej w pewnym zakresie) naprzeciw potrzebom obrotu gospodarczego. Skoro omyłkowo naliczony VAT regulowany jest (nienależnie) przez sprzedawcę, jego odliczenie przez nabywcę nie prowadzi do uszczuplenia należnych przychodów podatkowych budżetu państwa.

Plany powrotu do rozwiązania sprzed 1 czerwca 2005 r. (gdy nienależny VAT nie podlegał odliczeniu) trudno uznać za dobrą wiadomość dla podatników płacących polski VAT w cenie nabywanych towarów i usług.

Zmiana ta może oznaczać, że kupujący, który może być potencjalnie obciążony kosztem nieodliczalnego podatku, będzie zmuszony do analizy poprawności opodatkowania VAT danej transakcji przez dostawcę. To na niego zostanie przerzucone ryzyko potencjalnych nieprawidłowości.

Dotyczy to nie tylko przedsiębiorców krajowych. Także firm zagranicznych, które będą chciały odzyskać zapłacony podatek od polskich organów skarbowych i złożą wniosek o zwrot na podstawie VIII dyrektywy. W praktyce pytanie o zasadność naliczania VAT na fakturze pojawia się najczęściej właśnie przy transakcjach zawieranych z podmiotami nieposiadającymi w Polsce siedziby ani stałego miejsca prowadzenia działalności. Dotyczy to zwłaszcza tzw. usług niematerialnych (np. sprzedaży praw, różnych form doradztwa), dla których miejscem opodatkowania VAT jest zasadniczo kraj nabywcy usługi.