Spółka uważała, że urzędnicy fiskusa dopuścili się bezczynności i przewlekle prowadzili postępowanie w sprawie zwrotu VAT za grudzień 2014 r. Fiskus przedłużał bowiem termin zwrotu VAT w celu weryfikacji rozliczenia podatnika w trybie art. 87 ust. 2 ustawy VAT. Uważał, że może prowadzić dodatkowe postępowanie dotyczące zasadności zwrotu podatku, gdy od tego zależy zbadanie całego „łańcucha dostaw".
Podatniczka nie zgadzała się z taką praktyką. Podkreślała, że urzędnicy wielokrotnie przedłużali czas zakończenia kontroli podatkowej, bez sprecyzowania konkretnych przyczyn. Jej zdaniem nie można uznać, że decydującym materiałem dowodowym w zakresie weryfikacji podatnika są decyzje bądź wyniki kontroli przeprowadzone przez inne organy podatkowe na innym etapie tran- sakcji.
Tego stanowiska nie podzielił jednak ani Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, ani Naczelny Sąd Administracyjny.
Sąd kasacyjny nie miał wątpliwości, że fiskus ma prawo weryfikacji rozliczenia podatnika w trybie art. 87 ust. 2 ustawy VAT, tj. przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. W tym celu może prowadzić dodatkowe postępowanie wyjaśniające, jako że jest to forma przeciwdziałania oszustwom lub nadużyciom w dziedzinie VAT, który to cel jest wspierany przez unijną dyrektywę 112.
W ocenie NSA, sama skarżąca nie kwestionuje, że w postępowaniu weryfikującym może być konieczne zweryfikowanie nie tylko dokumentów podatnika ubiegającego się o zwrot, ale i jego kontrahentów w łańcuchu dostaw. Paradoksalnie jednak, pomimo świadomości celów i funkcji instytucji przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku, skarżąca zdaje się utożsamiać stan przewlekłości postępowania z jego długotrwałością. A jak tłumaczył NSA, te pojęcia nie są równoznaczne.