Kwestia opodatkowania podatkiem od nieruchomości głębi dokowych wciąż powoduje spory podatników z organami podatkowymi, które uporczywie twierdzą, że głębie dokowe to budowle w świetle ustawy o podatkach i opłatach lokalnych.
Organy uważają, że głębia dokowa, która powstaje w wyniku prac czerpalnych (np. pogłębiających tereny brzegowe, porty), stanowi budowlę hydrotechniczną wskazaną w art. 3 pkt 3 prawa budowlanego i w związku z tym powinna podlegać opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości stosownie do art. 1a ust. 1 pkt 2 oraz art. 2 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych. Takie podejście organów podatkowych powoduje konieczność zapłaty wysokiego podatku od nieruchomości, tj. 2 proc. wartości głębi dokowej.