Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w wyroku z 13 lipca 2016 r. (I SA/Gd 543/16).
Spółka prowadziła prace budowlane polegające na modernizacji wejścia do portu wewnętrznego (przebudowa falochronu), za które, na podstawie art. 83 ust. 1 pkt 11 ustawy o VAT wystawiała faktury ze stawką zero proc. Spółka wystąpiła z wnioskiem o udzielenie interpretacji indywidualnej co do potwierdzenia prawidłowości stosowania tej stawki. Otrzymała jednak interpretację negatywną, która została utrzymana przez WSA w Gdańsku. Po jakimś czasie została jednak wydana interpretacja ogólna (sPT2/033/1/442/TXW/2011/763), w której minister finansów stwierdził, że z preferencyjnej stawki podatkowej mogą również korzystać usługi dotyczące falochronu, jeżeli roboty nie są związane ze zmianą parametrów technicznych akwenów lub torów podejściowych.
Organy podatkowe w wydanej decyzji pozbawiły spółkę możliwości zastosowania stawki zero proc. w stosunku do opisanych wyżej robót. Na tym tle powstał spór, w którym spółka podkreślała, że do zmian parametrów doszło nie na pierwszym, lecz na innych etapach prac, a wykonywane roboty, za które wystawiała faktury ze stawką zero proc., dotyczyły wyłącznie pierwszego etapu.
Sąd uchylił zaskarżoną decyzję. Mając na uwadze wydaną interpretację ogólną stwierdził, że jeżeli da się wyodrębnić prace, które związane są ze stałym utrzymaniem i prace związane z przebudową oraz zmianą parametrów, to można stosować różne stawki do tych prac. Organ powinien był zatem stwierdzić, czy prace związane z wykonaniem robót w ramach pierwszego etapu łączyły się ze zmianą parametrów torów podejściowych. Jeżeli tak, to należałoby stosować stawkę podstawową. W przeciwnym razie trzeba byłoby zastosować stawkę zero proc. W odniesieniu do inwestycji polegającej na budowie ostróg morskich WSA uznał, że stawka zero proc. nie znajduje zastosowania, gdyż inwestycja służy ochronie brzegu i tym samym nie jest usługą związana z ochroną środowiska morskiego.
—Jan Jacek Buławski, współpracownik zespołu zarządzania wiedzą podatkową firmy Deloitte