W odwołaniu od decyzji oraz w skardze spółka argumentowała, że jest zakładem pracy chronionej. Na mocy ustawy z 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych równowartość podatku od nieruchomości odprowadza na zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych (ZFRON).
Zdaniem spółki kwota ta jest kosztem uzyskania przychodów. To dlatego, że obciążenie to faktycznie ponosi spółka. Bez znaczenia jest więc to, że kwota zwiększa fundusz rehabilitacji.
Organ nie podzielił tej argumentacji. Podkreślił, że spółka nie może zaliczać tej kwoty do kosztów ponieważ jest to równowartość podatku wynikająca ze zwolnienia określonego w przepisach, a nie właściwy podatek. Organ uznał ponadto, że art. 16 ust. 1 pkt 9 lit. a ustawy o CIT nie przewiduje możliwości zaliczenia wpłat na zakładowy fundusz rehabilitacji osób do kosztów podatkowych.
Sprawa trafiła do sądu. WSA potwierdził prawidłowość stanowiska organów podatkowych i oddalił skargę. Stwierdził, że podatnik nie może zaliczać równowartości podatku od nieruchomości do kosztów uzyskania przychodów ponieważ do właściwego funduszu nie jest wpłacany podatek, lecz kwota wynikająca ze zwolnienia. Sąd wskazał, że równowartość podatku mogłaby zostać zaliczona do kosztów jedynie wówczas, gdy wynikałoby to wprost ustawy.
Wskazał ponadto, że zakłady pracy chronionej mają możliwość amortyzowania środków kupionych z funduszu. Dodatkowa możliwość zaliczania równowartości podatku do kosztów byłaby więc nieuprawnionym uprzywilejowaniem wobec innych przedsiębiorców.
—Krzysztof Kutek współpracownik Zespołu Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte