W wyroku z 13 kwietnia 2011 r. (III SAB/Wa 1/11) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził, że „skoro wpłynął wniosek o wypłatę (…) odsetek, to na dzień złożenia wniosku należało ustalić w oparciu o stan faktyczny i przepisy prawa materialnego, czy takie uprawnienie stronie przysługuje czy też nie, i w konsekwencji wydać stosowne rozstrzygnięcie.
Z kolei, jeżeli organ uważał, że nie można było załatwić wniosku, ponieważ uzależniał wydanie rozstrzygnięcia w przedmiocie zwrotu odsetek od sum depozytowych od zakończenia postępowania w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego od osób prawnych za 2006 r., to w takiej sytuacji powinien zawiesić postępowanie w sprawie zwrotu odsetek, czego nie uczynił”.
Art. 206 ordynacji podatkowej (dalej op) stanowi, że zawieszenie postępowania wstrzymuje bieg terminów w postępowaniu podatkowym. Na podstawie art. 201 § 1 op organ podatkowy zawiesza postępowanie m.in.:
- w razie śmierci strony, jeżeli postępowanie nie podlega umorzeniu jako bezprzedmiotowe,
- gdy rozpatrzenie sprawy i wydanie decyzji jest uzależnione od rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez inny organ lub sąd,
- w razie śmierci przedstawiciela ustawowego strony,
- w razie utraty przez stronę lub jej ustawowego przedstawiciela zdolności do czynności prawnych.
Wiele problemów mają podatnicy z instytucją zagadnienia wstępnego (tzw. kwestia wstępna lub prejudycjalna).
Dotyczy to sytuacji, kiedy rozstrzygnięcie merytoryczne sprawy będącej przedmiotem postępowania uzależnione jest od wcześniejszego zagadnienia, które należy do kompetencji innego organu administracyjnego lub sądu i nie było wcześniej prawomocnie rozstrzygnięte (por. postanowienie Naczelnego Sądu Administracyjnego z 21 listopada 1996 r., I SA/Kr 519/96). Należy przy tym rozróżniać zagadnienie faktyczne (np. czy podatnik rzeczywiście prowadził działalność gospodarczą) od zagadnienia prawnego.
Tak więc nawet w sytuacji, gdy organ podatkowy musi poczekać na rozstrzygnięcie zagadnienia wstępnego, nie może nic nie robić w danej sprawie, zobowiązany jest do aktywności polegającej na zawieszeniu postępowania. Zawieszenie postępowania nie oznacza też końca zajmowania się sprawą.
Na podstawie art. 203 § 1 op organ podatkowy, który zawiesił postępowanie w związku z zagadnieniem wstępnym, wzywa równocześnie stronę do wystąpienia w oznaczonym terminie do właściwego organu lub sądu o rozstrzygnięcie zagadnienia wstępnego, chyba że strona wykaże, że już zwróciła się w tej sprawie do właściwego organu lub sądu.
Co więcej, jeżeli strona nie wystąpiła do właściwego organu lub sądu w wyznaczonym terminie, organ podatkowy z urzędu powinien się do nich zwrócić o rozstrzygnięcie zagadnienia wstępnego.
