Przedsiębiorca prowadząc działalność na terytorium Polski zarówno na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, jak i poza nią, nie jest z zasady zobowiązany do prowadzenia odrębnej księgowości dla każdej z tych działalności. Zgodnie z przepisami o strefach przedsiębiorca powinien wyodrębnić organizacyjnie działalność strefową w celu prawidłowego ustalenia wielkości dochodu podlegającego zwolnieniu. Przez wyodrębnienie organizacyjne rozumie się wyodrębnienie rachunkowe (w tym majątkowe) oraz kadrowe. Stanowisko to przedstawiło Ministerstwo Finansów w piśmie z 31 października 2003 r. skierowanym do Ministerstwa Gospodarki, Pracy i Polityki Społecznej (PB4/KGK-8214-2434-319/03). Prowadzenie działalności gospodarczej poza strefą przez przedsiębiorcę działającego również w strefie na podstawie zezwolenia nie powoduje automatycznie obowiązku wyodrębnienia tych działalności w formie oddziałów samodzielnie sporządzających sprawozdania finansowe.
Jednocześnie, zgodnie z przepisami o strefach, przy ustalaniu wielkości zwolnienia od podatku dochodowego przysługującego w związku z prowadzeniem działalności na terenie strefy z pomocą wydzielonej organizacyjnie jednostki przedsiębiorca ustalając dochód podlegający zwolnieniu, powinien uwzględniać wartość świadczeń wykonanych poza strefą zgodnie z przepisami dotyczącymi tzw. cen transferowych, tj. na takim poziomie, jaki ustaliłyby między sobą niepowiązane firmy.
Jak długo zachowane jest wyodrębnienie organizacyjne działalności strefowej, tak długo stosowane są zasady rynkowe przy wycenie świadczeń wykonywanych przez przedsiębiorcę poza strefą, a księgi prowadzone są w sposób umożliwiający poprawne ustalenie dochodu podlegającego opodatkowaniu i zwolnieniu, technika księgowa jest dowolna, w szczególności możliwe jest prowadzenie odrębnych ksiąg dla jednostek organizacyjnych prowadzących działalność w strefie i poza nią.
W takim wypadku przesunięcia półfabrykatów z magazynu jednostki działającej poza strefą do magazynu jednostki działającej na terenie strefy mogą być zaksięgowane na zasadach analogicznych do transakcji sprzedaży (zakupu), z wykorzystaniem kont, które wyłącznie dla celów wewnętrznej ewidencji poszczególnych jednostek będą traktowane jako ich przychody i koszty. Należy jednak pamiętać, że powyższa operacja księgowa nie skutkuje powstaniem po stronie przedsiębiorcy przychodu i odpowiednio kosztu zarówno dla celów bilansowych, jak i podatkowych. Nie powinna być również dokumentowana fakturą VAT, gdyż jednostki organizacyjne przedsiębiorcy nie są odrębnymi podatnikami VAT.
Przychód podatkowy powstaje dopiero w momencie sprzedaży wyrobu gotowego przez przedsiębiorcę, tj. w dniu jego wydania, nie później niż w dniu wystawienia faktury albo uregulowania należności. W związku z tym przychody i koszty wynikające z przesunięć pomiędzy jednostkami organizacyjnymi prowadzącymi odpowiednio działalność w strefie i poza strefą, w zakresie, w jakim dotyczą niesprzedanych wyrobów gotowych, nie powinny wpływać na wynik podatkowy. Przy ustalaniu wyniku bilansowego i podstawy opodatkowania przedsiębiorcy powinny być odpowiednio wyłączone.
Tomasz Gałka jest starszym menedżerem, a Małgorzata Putek - konsultantem w Dziale Doradztwa Podatkowego PricewaterhouseCoopers (biuro we Wrocławiu).