Z jednej strony sam proces inwestycyjny trwa często kilka lat, z drugiej – wykorzystywanie zwolnienia (którego wartość wyznacza iloczyn wydatków inwestycyjnych i intensywności pomocy dla danego regionu) może trwać kolejne lata. Powstała więc potrzeba zapewnienia porównywalności kwot ponoszonych wydatków lub uzyskiwanej pomocy na przestrzeni tak długiego okresu. W celu zagwarantowania waloryzacji wydatków i pomocy, czyli przede wszystkim uwzględnienia zmian wartości pieniądza w czasie, wprowadzono mechanizm dyskontowania. Przy jego użyciu koszty inwestycji oraz wartość uzyskanej pomocy są dyskontowane na dzień uzyskania zezwolenia.
Obowiązek dyskontowania nie dotyczy wszystkich przedsiębiorców strefowych. Podlegają mu:
- przedsiębiorstwa duże (czyli inne niż małe i średnie), o których mowa w art. 5 ust. 2 ustawy z 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (DzU nr 188, poz. 1840), które uzyskały zezwolenia przed 1 stycznia 2001 r., oraz
- wszystkie przedsiębiorstwa, których zezwolenia zostały wydane od 1 stycznia 2001 r.
Ze względu na czasowy charakter zwolnienia ograniczonego odpowiednio do końca 2010 r. i 2011 r. zwolnione z obowiązku dyskontowania są małe i średnie przedsiębiorstwa, które uzyskały zezwolenia przed 1 stycznia 2001 r.