Tak wynika ze zmiany art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT.
Przepis ten w brzmieniu obowiązującym do końca 2007 r. przewidywał, że nie są podstawą do odliczenia podatku faktury wtedy, gdy transakcja nie podlegała opodatkowaniu lub była zwolniona od podatku, a kwota wykazana w fakturze nie została uregulowana. Na podstawie tego przepisu podatnik będący nabywcą towaru lub usługi mógł odliczyć VAT z wystawionej faktury, nie zastanawiając się nad tym, czy czynność była w rzeczywistości zwolniona albo nieopodatkowana i sprzedawca jedynie błędnie naliczył VAT, czy nie była. Warunkiem było uregulowanie kwoty należności wynikającej z faktury. Teraz sprawa nie jest już tak oczywista.
Charakterystycznym przykładem swoistej pułapki, jaka powstanie po zmianie przepisów dotyczących odliczania podatku od czynności, które mogą być uznane za zwolnione z VAT czy w ogóle mu niepodlegające, jest rozliczanie tzw. bonusów wynikających z osiągnięcia określonego poziomu obrotów z konkretnym nabywcą. [b]Według Ministerstwa Finansów jest to odpłatność za usługę świadczoną przez nabywcę na rzecz dostawcy. Zdaniem natomiast sądów administracyjnych (np. wyrok NSA z 6 lutego 2007 r., I FSK 94/06) jest to zwykła premia pieniężna niepodlegająca opodatkowaniu.[/b] Jednak art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT, w brzmieniu obowiązującym do końca 2007 r., pozwalał na uniknięcie sporu z fiskusem. Jeżeli bowiem nabywca wystawił fakturę za usługę, to dostawca mógł odliczyć wynikający z niej podatek naliczony nawet w przypadku, gdyby ostatecznie uznano, że czynność polegająca na udzieleniu bonusu nie ma charakteru usługi, a zatem nie powinna być opodatkowana. Oczywiście ta możliwość dotyczyła w praktyce jedynie tych dostawców, którzy mogli odliczyć podatek naliczony. Od 1 stycznia 2008 r., czyli po zmianie art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy, sprawa nie będzie już oczywista. Panuje bowiem w tym zakresie bałagan, którego MF nie chce uporządkować. Nie ma jasności, czy bonusy w ogóle podlegają VAT, czy nie. MF i organy skarbowe wydają sprzeczne interpretacje.
Przykładowo w [b]interpretacji z 17 września 2007 r. (nr 1401/PH-I/4407/14-46/07/KO) warszawska Izba Skarbowa[/b] stwierdziła, że „otrzymany przez stronę od kontrahenta bonus roczny za osiągnięcie odpowiedniego poziomu obrotów nie rodzi obowiązku podatkowego w VAT. Przekazanie bonusu należy udokumentować notą księgową”.
Z kolei w [b]interpretacji z 23 lipca 2007 r. (1471/VUR2/443-27/07/MK) Pierwszy Mazowiecki Urząd Skarbowy[/b] orzekł, że „przyznana stronie premia pieniężna nie jest powiązana z żadną konkretną transakcją, więc nie spełnia funkcji rabatu. Podlega ona opodatkowaniu stawką 22 proc. i powinna być udokumentowana fakturą VAT”.