W postępowaniu podatkowym dowodem jest wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem.

Katalog środków dowodowych jest otwarty. Mogą nimi być dokumenty urzędowe, księgi podatkowe, deklaracje, zeznania świadków. Ordynacja podatkowa wymienia też opinie biegłych. Mogą być one bardzo cennym (rzetelnym i kompetentnym) źródłem uzyskania dowodu na określoną okoliczność.

Obecność biegłego i eksperta w postępowaniu ma szczególne znaczenie, gdy przedmiotem dochodzenia są specjalistyczne fakty, do których ustalenia wymagane są odpowiednie kwalifikacje. Jest istotna w sprawach, których nie można rozstrzygnąć bez specjalistycznej wiedzy w zakresie danej dziedziny nauki czy prawa. Przykładem może być opinia biegłego rzeczoznawcy dotycząca wyceny środków trwałych lub kwalifikacja określonej sytuacji przez eksperta w zakresie prawa lotniczego.

Udział biegłych jest, co do zasady, nieobowiązkowy, a uprawnione do ich powołania są obie strony postępowania podatkowego. Ale w pewnych sytuacjach przepisy podatkowe wymagają udziału biegłego w postępowaniu. Wówczas powinien powołać go urząd. Nie oznacza to jednak, że z takim wnioskiem nie może wystąpić podatnik. W praktyce to na organie podatkowym spoczywa obowiązek powołania biegłego w danych zagadnieniach mających znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Jeśli tego nie zrobi, może to być jedną z przesłanek zakwestionowania jego decyzji.

Spółka wykorzystała opinię biegłego w celu określenia rynkowej ceny sprzedaży rzeczy. Dzięki temu zmniejsza ryzyko zarzutu przyjęcia zaniżonej (bądź zawyżonej) wartości. Jeżeli urząd skarbowy w trakcie postępowania uzna, że cena transakcyjna odbiega od rynkowej, powinien wezwać spółkę do jej zmiany lub podania przyczyn uzasadniających rozbieżność. W razie nieudzielenia odpowiedzi urząd, zgodnie z ustawą o podatku dochodowym od osób prawnych, powinien zasięgnąć opinii biegłego w celu ustalenia prawidłowej ceny transakcyjnej (obligatoryjne uczestnictwo biegłego w postępowaniu).

Podobnie będzie w przypadku transakcji opodatkowanej podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Jeżeli np. wartość sprzedanej rzeczy nie odpowiada, według urzędu, wartości rynkowej, wezwie on strony do jej podwyższenia (lub obniżenia), podając jednocześnie wartość według własnej wstępnej oceny. Jeżeli strony tego nie zrobiły, organ podatkowy określi wartość rynkową na podstawie opinii biegłego.

Urząd prowadzący postępowanie musi sporządzić protokół z opinii biegłego, chyba że czynność w inny sposób utrwalono na piśmie. Protokół powinien zawierać w szczególności określenie biegłego, datę opinii, jej treść oraz określenie osób obecnych przy tej czynności. Protokół należy odczytać wszystkim obecnym osobom, które biorą udział w tej czynności. Powinny go też podpisać.

Podatnik może przejrzeć protokół z opinii na każdym etapie postępowania. Jeśli urząd odmówi, powinien wydać postanowienie, na które można złożyć zażalenie.

Jeśli opinię biegłego sporządzono na urzędowym formularzu, nie ma potrzeby spisywania protokołu.

Opinia biegłego to klasyczny dowód w postępowaniu. Dlatego urząd musi zawiadomić podatnika o jego przeprowadzeniu z co najmniej 7-dniowym wyprzedzeniem. Ponadto ma on prawo uczestniczyć w tej czynności, zadawać pytania biegłemu oraz udzielać dodatkowych wyjaśnień koniecznych do uzyskania przez biegłego pełnej wiedzy dotyczącej stanu faktycznego.

Konsekwencją uznania opinii biegłego za klasyczny środek dowodowy jest także to, że podatnik może w każdym momencie postępowania przeprowadzić przeciwdowód, w szczególności poprzez powołanie innego biegłego.

Potwierdza to wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 8 stycznia 2004 r. (III SA719/02),w którym czytamy: "Ekspertyza prawna złożona przez stronę w toku postępowania podatkowego jest opinią biegłego w rozumieniu ordynacji. Opinią biegłych organ podatkowy, inaczej niż w przypadku prowadzonej rzetelnie i niewadliwie księgi podatkowej czy dokumentów urzędowych, nie jest związany. Stanowi ona taki sam materiał jak każdy inny dowód zgromadzony w sprawie. Opinie biegłych podlegają zatem takiej samej ocenie jak każdy inny dowód w sprawie".

Jak już wspomnieliśmy, tylko w niektórych sytuacjach powołanie biegłego jest obligatoryjne. W wielu orzeczeniach sądowych podkreśla się jednak, że powinno się korzystać z jego wiedzy w każdym przypadku pojawienia się specjalistycznych zagadnień, nie tylko wtedy, gdy przepisy nakładają taki obowiązek.

Przykładowo Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 25 stycznia 2001 r. (V SA 1085/00) uznał, że "rezygnacji z przeprowadzenia dowodu z opinii biegłego nie może usprawiedliwiać użyte w ordynacji słowo "może", gdy chodzi o prawną regulację korzystania z opinii biegłego, gdyż regulacja ta pozostawia wprawdzie organowi swobodę w korzystaniu z tego środka dowodowego, jednakże granice tej swobody są wyznaczone przez zasadę prawdy obiektywnej, bo z niej wypływa obowiązek organu podjęcia wszelkich niezbędnych działań mających na celu dokładne wyjaśnienie stanu faktycznego sprawy. W sprawach zatem o zawiłym stanie faktycznym organ jest obowiązany wykorzystać środek dowodowy w postaci opinii biegłego".

Podobne stanowisko zajął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z 4 marca 2004 r. (III SA 1917/02),w którym stwierdził: "jeżeli spór z podatnikiem dotyczy skomplikowanych procesów technologicznych, specjalistycznej wiedzy na ten temat, to organ skarbowy powinien powołać biegłego. Nie może poprzestać jedynie na własnej, pobieżnej znajomości rzeczy".

Jeżeli chodzi o wymogi stawiane biegłym lub ekspertom, to ich rolę może pełnić każdy podmiot, jeżeli jego wiedza i kwalifikacja zawodowa przyczyni się do rozstrzygnięcia sprawy. W praktyce w postępowaniu mogą wystąpić:

- osoby figurujące na liście biegłych (np. skarbowych lub sądowych);

- osoby, których wiedza może przyczynić się do rozstrzygnięcia sprawy (biegli ad hoc);

- instytucja naukowa lub specjalistyczna (biegli instytucjonalni).

Biegłymi nie mogą być osoby niezdolne do postrzegania lub komunikowania swych spostrzeżeń, osoby zobowiązane do zachowania tajemnicy państwowej lub służbowej (chyba że zostały z niej zwolnione), a także duchowni prawnie uznanych wyznań co do faktów objętych tajemnicą spowiedzi.

Biegłego można wyłączyć na takich zasadach jak pracowników organów podatkowych. W szczególności nie może nim być osoba, która była świadkiem w postępowaniu, albo osoba pozostająca z podatnikiem w takim stosunku prawnym, że rozstrzygnięcie sprawy może mieć wpływ na jej prawa lub obowiązki. Wyłączenie następuje z mocy prawa, jednakże w praktyce oznacza to, że strony mogą skutecznie żądać wyłączenia biegłego z czynności postępowania, jeśli zajdą określone ustawowo przypadki. Dodatkowo ordynacja podatkowa przyznaje stronom możliwość złożenia wniosku o wyłączenie biegłego, jeżeli zostanie uprawdopodobnione, że występują inne okoliczności, które mogą rzutować na jego bezstronność.

Wydaje się również, że w ściśle określonych przypadkach biegłemu lub ekspertowi przysługuje prawo odmowy udzielenia opinii, jeśli mogłaby narazić go lub jego bliskich na odpowiedzialność karną, karną skarbową albo spowodować naruszenie obowiązku zachowania ustawowo chronionej tajemnicy służbowej.

Biegli mogą też uczestniczyć w rozprawie podatkowej. Jedną z przesłanek zarządzenia rozprawy przez organ odwoławczy z urzędu jest bowiem potrzeba wyjaśnienia istotnych okoliczności stanu faktycznego przy udziale świadków lub biegłych. Przepisy nie precyzują jednak, czy obowiązek zarządzenia rozprawy zachodzi wyłącznie, gdy z odrębnych przepisów wynika obowiązek powołania biegłego, czy też należy ją z urzędu zarządzić także wtedy, gdy zasada prawdy obiektywnej wymaga udziału biegłego. To ostatnie stanowisko wydaje się jednak zbieżne z dotychczasowym orzecznictwem dotyczącym powoływania biegłych.

Skorzystanie z opinii biegłych i ekspertów, poza wypadkami gdy jest to obligatoryjne, jest wskazane zawsze, gdy konieczna jest wiedza specjalistyczna, niedostępna organom podatkowym. Szczególnie mogą być przydatni przy określaniu rynkowej ceny transakcji. Innym przykładem mogą być opinie klasyfikacyjne urzędu statystycznego, które mają często rozstrzygające znaczenie wsporach z organami skarbowymi dotyczących stawek VAT. Opinie te mogą być podważane co do zasady jedynie wtedy, gdy organ wykaże nieprawidłowość stanu faktycznego podanego przez podatnika i wystąpi o własną interpretację statystyczną. Nie ma jednak możliwości rozstrzygnięcia o klasyfikacji statystycznej bez wykorzystania eksperckiej opinii Ośrodka Interpretacji Standardów Klasyfikacyjnych GUS. Łukasz Karpiesiuk jest doradcą podatkowym w Baker & McKenzie Doradztwo Podatkowe; Grzegorz Skowroński jest prawnikiem w tej firmie

Trudno też ekspertyzę wyjaśniającą przepisy prawa podatkowego uznać za dowód z opinii biegłego, o którym mowa w art. 197 ordynacji podatkowej. Biegłego powołuje się bowiem wtedy, gdy w sprawie wymagane są wiadomości specjalne (np. z zakresu budownictwa w sporze o to, czy inwestycja ma charakter remontu, czy ulepszenia). Wydaje się, że ekspertyza będzie miała charakter opinii biegłego tylko wtedy, gdy wyjaśnia okoliczności stanu faktycznego (np. dotyczy prawa obcego, które miało wpływ na działania podatnika).

Jeżeli jednak ma charakter wykładni przepisów prawa podatkowego, które powinny być zastosowane w danej sprawie, i jest propozycją ich interpretacji, to nie można jej uznać za element materiału dowodowego. Jak się podkreśla w piśmiennictwie (B. Brzeziński, W. Nykiel, "Ekspertyza prawna w postępowaniu w sprawach podatkowych", Przegląd Podatkowy nr 11/2002), powinna być traktowana jako część argumentacji podatnika. Organ podatkowy (a później sąd) powinien się do niej ustosunkować i przedstawić powody, z których się z nią nie zgadza.