Jak wynika z art. 23 ust. 1 pkt 12 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (updof), nie uważa się za koszty uzyskania przychodów podatku dochodowego i podatku od spadków i darowizn.
Dla tego drugiego podatku przewidziano w art. 22 ust. 6d updof jeden wszakże wyjątek. Jest on kosztem w razie odpłatnego zbycia nieruchomości lub ich części (oraz udziału w nieruchomości), spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu mieszkalnego lub użytkowego, prawa do domu jednorodzinnego w spółdzielni mieszkaniowej a także prawa wieczystego użytkowania gruntów, nabytych w spadku, jako darowizna lub w inny nieodpłatny sposób. Z tym że uważa się go za koszt w takiej części, w jakiej wartość zbywanej rzeczy lub prawa przyjęta do opodatkowania tym podatkiem odpowiada łącznej wartości opodatkowanych nim rzeczy i praw majątkowych.
Inne podatki, takie jak podatek akcyzowy, podatek od czynności cywilnoprawnych, od nieruchomości, od środków transportu, czy opłata skarbowa mogą być kosztami (o ile oczywiście spełniają ogólną definicję kosztu uzyskania przychodu) lub wchodzą w skład ceny nabycia środka trwałego bądź wartości niematerialnej i prawnej.
Podatek od towarów i usług może być kosztem bezpośrednio albo pośrednio - poprzez odpisy amortyzacyjne. Zgodnie z art. 22g ust. 3 updof VAT naliczony zwiększa wartość początkową środka trwałego lub wartości niematerialnej i prawnej u podatników, którzy są zwolnieni z VAT albo nie mogą w pełni skorzystać z odliczenia podatku związanego z nabyciem składników majątku trwałego (bo np. wykonują jednocześnie czynności zwolnione i opodatkowane VAT). Kosztem uzyskania przychodu staje się w ramach amortyzacji.
O tym, kiedy możliwe jest bezpośrednie ujmowanie VAT w kosztach, mówi art. 23 ust. 1 pkt 43 updof. Wynika z niego, że kosztem uzyskania przychodu jest podatek naliczony, jeżeli podatnik jest zwolniony z tego podatku lub gdy nie jest zwolniony, ale nabył towary i usługi w celu wykonywania czynności zwolnionych.
Kosztem podatkowym jest również VAT naliczony dotyczący tych towarów i usług, przy nabyciu których - na podstawie ustawy o VAT - nie przysługuje odliczenie. Nie dotyczy to przypadków, gdy podatek ten zwiększa wartość początkową składników majątku firmy (bo wtedy staje się kosztem poprzez odpisy amortyzacyjne).
Kosztem uzyskania przychodu jest także VAT naliczony przy nabyciu składników majątku u tych podatników, którzy są zobowiązani do korygowania kwoty odliczenia zgodnie z art. 91 ustawy o VAT - oczywiście tylko w tej części, w jakiej w wyniku korekty przestaje być podatkiem odliczonym.
Kosztem podatkowym, w dwóch przypadkach, może być również VAT należny:
-wtedy, gdy przy imporcie usług lub wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów podatek należny wynikający z faktury wewnętrznej nie stanowi - w myśl przepisów o VAT - podatku naliczonego (z tym że tylko w tej części, która nie przekracza kwoty VAT, która mogłaby stanowić podatek naliczony w rozumieniu przepisów o VAT);
-przy przekazaniu lub zużyciu niektórych towarów lub świadczenia usług na potrzeby reprezentacji i reklamy (patrz tekst poniżej).
Po pierwsze, przychodem jest VAT naliczony, który wcześniej był zaliczony do kosztów podatkowych, a następnie został odliczony (art. 14 ust. 2 pkt 7d updof). Może tak być u podatników, którzy albo tracą, albo rezygnują ze zwolnienia z VAT i za zgodą naczelnika urzędu skarbowego mogą pomniejszyć VAT należny o kwotę podatku naliczonego wynikającą z dokumentów zakupowych, otrzymanych zanim stali się czynnymi podatnikami VAT. W czasie gdy korzystali ze zwolnienia, do kosztów zaliczali zakupy w kwotach brutto. Po drugie, do przychodów firmy zaliczamy kwotę VAT, o którą zwiększa się podatek naliczony na skutek korekty odliczenia VAT dokonywanej na podstawie art. 91 ustawy o VAT.
O trzecim przypadku mowa jest w art. 14 ust. 2d updof. Dotyczy on sytuacji opisanej w art. 91 ust. 7 ustawy o VAT, tzn. zmiany prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o całą kwotę podatku naliczonego (gdy podatnik najpierw wykorzystuje zakupioną rzecz przy wykonywaniu czynności niepodlegających opodatkowaniu VAT, a następnie używa jej wyłącznie przy czynnościach opodatkowanych i w związku z tym ma prawo skorygować wcześniejsze odliczenie - powiększając VAT naliczony do odliczenia).