O zasadach rozliczania takich usług mówi art. 119 ustawy o VAT, zgodnie z którym podstawą opodatkowania jest kwota marży, pomniejszona o należny podatek. Marża to różnica między należnością, którą ma zapłacić nabywca usługi, a ceną zakupu przez biuro towarów i usług od innych podatników dla bezpośredniej korzyści turysty.

Zapis ten odpowiada art. 308 dyrektywy Rady2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dziennik Urzędowy Unii Europejskiej L347, poz. 1), który nakazuje opodatkować samą marżę, gdy świadczone są usługi nabyte uprzednio w całości od innych podatników.

Jednocześnie art. 119 ust. 5 ustawy o VAT wprowadza szczególny tryb opodatkowania marży, gdy podatnik w ramach świadczonej usługi turystycznej wykorzystuje własny majątek (przepis nieprecyzyjnie określa to jako usługi wykonywane we własnym zakresie, tzw. usługi własne). W takim wypadku przepisy pozwalają na opodatkowanie "usług własnych" na zasadach ogólnych, przy warunku prowadzenia odrębnej ich ewidencji. Pozwala to podatnikowi odliczyć podatek naliczony przy zakupach w celu świadczenia "usług własnych", podczas gdy opodatkowanie marży uniemożliwia odliczenie podatku naliczonego od podatku należnego wliczonego w cenę oferowanej usługi turystycznej.

Podział na szczególne warunki opodatkowania usług turystycznych nabytych od innych podatników i usług własnych opodatkowanych na zasadach ogólnych nie budził do niedawna wątpliwości wśród organów podatkowych. Wydawane interpretacje nie kwestionowały możliwości opodatkowania usług własnych na zasadach ogólnych, nawet jeżeli były one częścią świadczonej usługi turystycznej (interpretacje z 15 kwietnia2005 r. Drugiego Urzędu Skarbowego w Gliwicach, IPD4/443-13/4465317/05, oraz Izby Skarbowej w Rzeszowie z 27 stycznia 2005 r., IS. II/2443/297/04).

Odmienny pogląd zaczął się pojawiać na początku 2006 r. W interpretacji z 1 marca 2006 r. (RO/44322/06) Świętokrzyski Urząd Skarbowy stwierdził, że mimo wyodrębnienia świadczeń nabywanych od podmiotów trzecich oraz własnych, jeżeli obie stanowią jedną usługę oferowaną odbiorcy końcowemu, wszystkie jej elementy powinny być opodatkowane stawką właściwą dla usługi turystycznej. Ten precedens spowodował, że niektóre izby skarbowe uchylają wydane wcześniej przez urzędy postanowienia (np. decyzja Izby Skarbowej we Wrocławiu z 21 listopada 2006 r., WB-PP/443-0003/ 05/06). Powołują się na to, że usługa turystyczna na gruncie dyrektywy traktowana jest jako jedno świadczenie opodatkowanie wyłącznie stawką właściwą dla tej usługi (w tym wypadku stawką podstawową na terenie danego kraju). Taka zmiana podejścia oznacza dla wielu organizatorów wycieczek, którzy korzystają z własnych środków transportu lub są właścicielami hoteli, znaczne podwyższenie kosztów działalności.

Wątpliwości związane z obecnym stanowiskiem organów podatkowych budzi bezpośrednie stosowanie dyrektywy, która jest aktem podlegającym implementacji do krajowych przepisów, a nie oddziałującym bezpośrednio. Ostateczny kształt, jaki nadał ustawodawca opodatkowaniu usług turystycznych z udziałem tzw. usług własnych w przepisach krajowych, nie jest niezgodny z przepisami unijnymi. Oznacza to konieczność stosowania w tym zakresie przede wszystkim przepisów krajowych, a nie unijnych. Ponadto w nawiązaniu do orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości stwierdzić należy, że bezpośrednie stosowanie dyrektyw przy spełnieniu przez nie określonych warunków ma służyć ochronie praw podatników, a nie zwiększeniu stopnia fiskalizmu. Objęcie bowiem systemem marży całej usługi wraz z usługami własnymi podatnika zwiększa ekonomiczny koszt opodatkowania takiej transakcji. Ma to także znaczenie w aspekcie konkurencyjności podmiotów świadczących usługi turystyczne, gdzie stosowanie się przez wybraną grupę do nowego stanowiska organów podatkowych przesądza o nieopłacalności świadczonych usług.