We wniosku o pisemną interpretację prawa podatkowego spółka zajęła stanowisko, że na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy o VAT możliwe jest odliczenie VAT naliczonego przy zakupie towarów i usług związanych z emisją akcji. Organy podatkowe się z tym nie zgodziły. Stwierdziły, że emisja akcji jest czynnością niepodlegającą VAT i dlatego nabycie towarów i usług w związku z planowaną emisją nie będzie rodzić skutków w postaci prawa do obniżenia podatku należnego o naliczony.
W skardze do WSA spółka zarzuciła naruszenie ogólnej zasady, zgodnie z którą tak długo, jak podatnik wykorzystuje do swoich opodatkowanych czynności towary i usługi nabywane w normalnym procesie swojej działalności, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego. Wskazała, że w przepisach mowa jest o "wykorzystywaniu do wykonywania czynności opodatkowanych", a nie o bezpośrednim związku. Argumentowała, że celem podwyższenia kapitału zakładowego poprzez emisję akcji było pozyskanie kapitału, który będzie wykorzystany do ściśle określonych celów, a zwłaszcza do zwiększenia mocy produkcyjnej przedsiębiorstwa, obniżenia kosztów produkcji itp. Tak więc pozyskany kapitał będzie służył podatnikowi do wykonywania czynności opodatkowanych VAT.
WSA w Lublinie przyznał rację spółce. Stwierdził, że przy ustalaniu prawa do odliczenia należy brać pod uwagę całokształt jej działalności oraz zasadę neutralności VAT. Sąd podkreślił, że z orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości wynika, że w takiej sytuacji podatnik ma prawo do odliczenia podatku naliczonego (wyrok w sprawie C-465/03).
Wyrok lubelskiego sądu potwierdza linię interpretacyjną, zgodnie z którą, po pierwsze, emisja akcji jest poza zakresem VAT, po drugie, podatek naliczony związany z wydatkami na podwyższenie kapitału zakładowego (akcyjnego) podlega odliczeniu. Orzeczenie jest zgodne ze stanowiskiem ETS, który w wyroku w sprawie Kretztechnik (C-465/03) doszedł do takich samych wniosków. Podkreślił przy tym, że podatek naliczony związany z podwyższeniem kapitału akcyjnego i wprowadzeniem akcji do publicznego obrotu może być odliczony, bo wiąże się z ogólną działalnością podatnika.
Interpretacje organów podatkowych w tej kwestii są rozbieżne. Najczęściej nie uwzględniają one dorobku ETS i zasad wspólnotowego systemu VAT, lecz odnoszą się do możliwości zaliczenia takich wydatków do kosztów uzyskania przychodu. W części pism prezentowane jest stanowisko korzystne dla podatników (tak np. pismo izb skarbowych: w Łodzi z 27 grudnia 2006 r., III-3/4407int75/VAT/06/TK, we Wrocławiu z 27 października 2005 r., 443/781/2006/PK). Niestety, niektóre organy nie zgadzają się na zaliczenie takich wydatków do kosztów podatkowych, co skutkuje niemożnością odliczenia podatku naliczonego (np. pismo Drugiego Urzędu Skarbowego w Warszawie z 19 kwietnia 2005 r., 1472/ROP1/423-79-61/05/AJ). Również Izba Skarbowa w Lublinie nie dostrzegła bezpośredniego związku pomiędzy nabytymi usługami i prowadzoną przez podatnika działalnością gospodarczą, więc nie uznała prawa do odliczenia podatku naliczonego (pismo z 20 czerwca 2005 r., PP2/4407-92/05).
Warto też pamiętać, że podatek naliczony może być odliczony tylko w części dotyczącej czynności opodatkowanych. Zatem jeśli podatnik wykonuje również czynności niedające prawa do odliczenia VAT, powinien dokonać alokacji podatku naliczonego.
