Zakres uprawnień inspektorów kontroli skarbowej prowadzących postępowania kontrolne jest większy niż w przypadku kontroli prowadzonych przez organy podatkowe. Inspektorzy kontroli skarbowej mają prawo do użycia środków przymusu bezpośredniego i broni palnej.
Istotne różnice dotyczą też formy prowadzenia czynności. Organy kontroli skarbowej co do zasady bowiem wszczynają postępowanie kontrolne, w ramach którego mogą, ale nie muszą, przeprowadzić kontrolę. Natomiast w przypadku organów podatkowych najpierw jest wszczynana kontrola, a po jej zakończeniu dopiero postępowanie podatkowe.
Postępowania kontrolne może się skończyć wydaniem decyzji (tak jak postępowanie podatkowe) bądź wynikiem kontroli, jeżeli nie jest możliwe wydanie decyzji (np. gdy kontrolowany złożył w odpowiednim momencie korektę obejmującą wszystkie stwierdzone nieprawidłowości).
W toku postępowania kontrolnego, podobnie jak podczas kontroli, wyłączona jest możliwość korekty w zakresie objętym postępowaniem kontrolnym. Należy mieć jednak na uwadze, że przed wydaniem decyzji lub wyniku kontroli organ kontroli skarbowej wyznacza kontrolowanemu siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego (art. 24 ust. 4 u.k.s.).
W tym terminie, zgodnie z art. 14c u.k.s., kontrolowany może skorygować w zakresie objętym postępowaniem kontrolnym uprzednio złożoną deklarację podatkową, przy czym ma obowiązek, nie później niż w terminie trzech dni, zawiadomić organ kontroli skarbowej o złożeniu do właściwego organu podatkowego korekty deklaracji (art. 14c ust. 6 u.k.s.).
Termin na podjęcie decyzji co do złożenia stosownej korekty jest zatem w przypadku postępowania kontrolnego znacznie ograniczony. W razie braku korekty najpewniej wydana zostanie przez organ decyzja określająca, co wyłączy możliwość korekty po stronie podatnika/płatnika/inkasenta (w zakresie nieobjętym decyzją istnieje nadal możliwość korekty) ze wszystkimi tego konsekwencjami, w tym ryzykiem wszczęcia postępowania karnoskarbowego zmierzającego do ustalenia osób odpowiedzialnych za wystąpienie nieprawidłowości.