Kontrolerzy obowiązani są okazać upoważnienie do przeprowadzenia kontroli oraz legitymację służbową kontrolera lub dowód osobisty – jeżeli nie jest on pracownikiem NFZ, oraz zawiadomienie o kontroli, które powinno zawierać: wskazanie podstawy prawnej do przeprowadzenia kontroli, nazwę podmiotu kontrolowanego, przedmiot i zakres kontroli oraz miejsce przeprowadzania kontroli wraz z terminem jej rozpoczęcia i zakończenia.

W razie nieokazania dokumentów świadczeniodawca ma prawo odmówić dopuszczenia kontrolera do czynności.

Kontroler podlega z mocy prawa wyłączeniu od udziału ?w kontroli, jeżeli pozostaje z kontrolowanym podmiotem w takim stosunku prawnym lub faktycznym, że wynik kontroli może mieć wpływ na jego prawa lub obowiązki, jeżeli kontrola dotyczy jego małżonka lub krewnych i powinowatych do drugiego stopnia albo jeżeli kontrola dotyczy osoby związanej z nim z tytułu przysposobienia, opieki lub kurateli. Ponadto kontroler może zostać wyłączony od udziału w kontroli, jeżeli między nim a jednostką kontrolowaną zachodzi tego rodzaju stosunek osobisty, który może wywoływać wątpliwości dotyczące bezstronności kontrolera. O wyłączenie kontrolera może wnioskować także kontrolowana placówka.

Kontrole przeprowadzane są przez zespoły kontrolerów. NFZ wyznacza kierownika zespołu, który koordynuje pracę i reprezentuje zespół przed kierownikiem kontrolowanej jednostki.

Kontrola prowadzona jest ?w siedzibie świadczeniodawcy ?i siedzibie oddziału NFZ. Kontrolerzy zbierają dowody, ?w szczególności odpisy (kserokopie) lub wyciągi z dokumentów, a także sporządzają protokoły, np. oględzin, odbierają ustne i pisemne wyjaśnienia oraz oświadczenia. W zawiadomieniu o kontroli NFZ może wystąpić o przygotowanie dokumentów, zestawień i obliczeń.

Kontrolerzy są uprawnieni do zabezpieczenia dowodów np. poprzez zabranie dokumentów z siedziby kontrolowanego, ale tylko jeśli stwierdzą, że zachodzi możliwość ich utraty bądź zniszczenia. Zabranie dokumentów w innej sytuacji wymaga porozumienia z kontrolowanym.

Kontrola winna być przeprowadzana przez zespół kontrolerów, w skład którego w przypadku kontroli dokumentacji medycznej, jakości i zasadności świadczeń zdrowotnych powinien wchodzić lekarz.