Wykreślenie zbioru danych z rejestru następuje w drodze decyzji administracyjnej generalnego inspektora ochrony danych osobowych. Urząd wydaje taką decyzję wtedy, gdy zaprzestano przetwarzania danych w zarejestrowanym zbiorze bądź jeśli rejestracji dokonano z naruszeniem prawa. W przypadku zaprzestania przetwarzania danych osobowych administrator danych zobligowany jest złożyć wniosek o wykreślenie zbioru z rejestru, gdyż rejestr ma z założenia obejmować dane aktualne.

Jeżeli chodzi o zaprzestanie przetwarzania danych, to musi to być faktyczne i trwałe zaprzestanie dokonywania jakichkolwiek czynności na danych osobowych. Może ono polegać na fizycznej likwidacji tych danych albo włączeniu przetwarzanych danych do innego zbioru. Trzeba przy tym pamiętać o szerokiej definicji pojęcia „przetwarzanie danych". Mianowicie stosownie do art. 7 pkt 2 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. o ochronie danych osobowych (DzU nr 133, poz. 883 ze zm.) przetwarzanie danych obejmuje także samo ich przechowywanie. Jeżeli więc firma nadal w jakiś sposób przechowuje zgromadzone dane osobowe np. w celach archiwalnych, to na złożenie wniosku o wykreślenie zbioru jest jeszcze za wcześnie. Takie operacje przeprowadzane na danych osobowych, jak opracowywanie, zmienianie i usuwanie, również mieszczą się w pojęciu przetwarzania danych.

Chcąc wykreślić zbiór danych osobowych, administrator danych powinien wystąpić do  GIODO z wnioskiem o wykreślenie zbioru z rejestru zbiorów danych osobowych. Wniosek trzeba uzasadnić, a w uzasadnieniu powinno się znaleźć wyjaśnienie, na czym polega zaprzestanie przetwarzania danych i co się stało z danymi, które dotychczas zostały zgromadzone. Rzetelne uzasadnienie wniosku jest niezbędne do uzyskania decyzji, gdyż pozwala urzędowi ocenić, czy rzeczywiście przedsiębiorca zaprzestał przetwarzania danych osobowych.

Wykreślenie zbioru danych nie jest za darmo. Składając wniosek do GIODO, trzeba uiścić opłatę skarbową w wysokości 10 zł.