Zasadniczo urzędnicy będą sprawdzać dokumenty podatkowe w siedzibie kontrolowanego oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością. Będą to sklepy, biura, zakłady produkcyjne, magazyny i każde inne miejsca, gdzie działalność gospodarcza jest prowadzona przez przedsiębiorcę. Jeżeli w tych miejscach nie przechowuje się dokumentacji podatkowej, ponieważ czynności te zostały zlecone doradcy podatkowemu lub do biura rachunkowego, to przedsiębiorca powinien dostarczyć dokumentację do swojego lokalu i tam ją udostępnić kontrolującym.
To, że kontrola odbywa się u kontrolowanego, jest z jednej strony utrudnieniem związanym z koniecznością reorganizacji pracy, ale ułatwia lepsze wykonanie obowiązków ciążących na podatniku.
Ze względu na swój charakter nie każda czynność kontrolna może być przeprowadzona u kontrolowanego. Taką czynnością jest np. przesłuchanie świadka, które może być dokonane tylko w siedzibie organu prowadzącego kontrolę.
Tylko w godzinach pracy
Ważne jest to, że przedsiębiorca nie musi reorganizować swojej działalności z powodu kontroli. Jeśli nie ma możliwości zapewnienia urzędnikom miejsca do pracy i przechowywania dokumentów, to nie może być to uznane za utrudnianie kontroli będące przestępstwem lub wykroczeniem skarbowym karalnym na podstawie art. 83 kodeksu karnego skarbowego. Taka obiektywna niemożliwość związana z małymi pomieszczeniami biurowymi zajętymi przez pracowników kontrolowanego to co innego niż celowe odmówienie urzędnikom możliwości skorzystania z wolnego zaplecza biurowego, którym dysponuje. Nie można jednak wymagać zmiany godzin pracy pracowników, godzin przyjmowania klientów, zmieniać miejsca pracy podwładnych. W przypadku, gdy nie znajdzie się miejsca pracy dla urzędników, ordynacja podatkowa (dalej: o.p.) przewiduje sposoby postępowania, które umożliwią osiągnięcie celów kontroli.
Czynności kontrolne mogą się odbywać tylko w godzinach pracy danego kontrolowanego. Jednak gdy z uwagi na wizytę pracowników skarbówki przedsiębiorca postanowi skrócić te godziny, to mimo tego kontrolujący mają prawo do pracowania przez 8 godzin dziennie.