Z drugiej jednak strony, jak wynika z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335/EWG dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (w brzmieniu obowiązującym w dniu przystąpienia Polski do UE), państwa członkowskie powinny – co do zasady – zwolnić z podatku kapitałowego (tj. PCC) operacje, które 1 lipca 1984 r. były zwolnione z podatku lub opodatkowane stawką 0,5 proc. lub niższą.
Z orzecznictwa ETS wynika, że odwołanie się w prawie wspólnotowym do konkretnej daty pozostaje wiążące dla danego państwa, nawet jeśli to państwo przystąpiło do UE później (wyrok w sprawie C-372/10). Dlatego też kluczowym do rozstrzygnięcia omawianego problemu jest ustalenie, czy 1 lipca 1984 r. w polskim systemie prawa obowiązywały normy nakładające na spółki akcyjne obowiązek uiszczenia PCC od podwyższenia kapitału zakładowego.
Obowiązująca wówczas dla celów opłaty skarbowej definicja kapitału zakładowego obejmowała wszelkie wkłady wspólników. Natomiast – jak twierdzi podatnik – pojęcie „wspólnik” obejmowało jedynie osoby, które wnosiły wkłady do spółek z ograniczoną odpowiedzialnością, podczas gdy w stosunku do osób wnoszących wkłady do spółek akcyjnych przepisy posługiwały się pojęciem „akcjonariusz”. Tym samym wkłady do spółek akcyjnych – zdaniem podatników – nie mieściły się w definicji kapitału zakładowego i w konsekwencji były zwolnione z opodatkowania. WSA w Gliwicach nie podzielił jednak tego rozumowania.
Warto zwrócić uwagę, że 23 września 2011 r. w analogicznej sprawie wypowiedział się WSA we Wrocławiu (I SA/Wr 1212/11). Orzekł on, że w polskim stanie prawnym obowiązującym 1 lipca 1984 r. wniesienie wkładów do spółki akcyjnej na podwyższenie kapitału zakładowego nie podlegało opodatkowaniu ówczesnym podatkiem kapitałowym. Dlatego też po akcesji do UE Polska była zobowiązana do zwolnienia z opodatkowania PCC wkładów wnoszonych do spółek akcyjnych (zgodnie z art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335/EWG).
Tym samym WSA potwierdził prawo spółek akcyjnych do odzyskania niezależnie zapłaconego PCC. Niestety, z tym rozstrzygnięciem nie zgodził się Naczelny Sąd Administracyjny, który w niedawnym wyroku z 10 maja 2012 r. uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania (II FSK 98/12).
Zarówno orzeczenie NSA, jak i komentowany wyrok WSA w Gliwicach utrudnią podatnikom odzyskanie PCC płaconego od podwyższenia kapitału zakładowego spółek akcyjnych. Warto nadmienić, że ewentualne negatywne rozstrzygnięcie dla władz skarbowych, wiązałoby się z lawiną wniosków o stwierdzenie nadpłaty w PCC i tym samym ze znacznym uszczupleniem budżetu.