Tym samym takie projekty rozliczane będą zgodnie z wnioskiem o dofinansowanie zatwierdzonym przez właściwą instytucję, przy czym przy ponoszeniu wydatków uwzględnia się zasady kwalifikowania zawarte w nowej wersji dokumentu (np. w zakresie przejrzystości i konkurencyjności). Wytyczne w pełnym zakresie, tj. bez jakichkolwiek wyłączeń, będą obowiązywać od 1 stycznia 2011 r. w przypadku:
- projektów złożonych w odpowiedzi na konkurs ogłoszony po 1 stycznia 2011 r.,
- wniosków o dofinansowanie projektów systemowych w ramach priorytetu VI i VII na 2011 r. bez względu na datę złożenia wniosku o dofinansowanie projektu przez beneficjenta,
- pozostałych projektów systemowych, dla których wnioski o dofinansowanie zostały złożone po 1 stycznia 2011 r.
Istotne zmiany, jakie przynoszą nowe wytyczne, wiążą się z określeniem limitu kosztów, które wnioskodawca ma prawo przeznaczyć na zarządzanie projektem. Będzie pięć takich progów, uzależnionych od wartości całego projektu. I tak jeżeli jego wartość nie przekracza 0,5 mln zł, mogą one stanowić do 30 proc.
Dla projektów o wartości 0,5 mln – 1 mln zł, będzie to maksymalnie 25 proc. Jeszcze mniej, bo 20 proc., koszty zarządzania mogą stanowić w projektach o wartości 1 – 2 mln zł. Jeżeli wnioskodawca przygotuje projekt o kosztach 2 – 5 mln zł, to na zarządzanie wolno mu przeznaczyć do 15 proc. I wreszcie najniższy 10-proc. limit obowiązywać będzie dla projektów, których wartość przekroczy 5 mln zł.