Ich celem jest sprawdzenie, czy projekt jest realizowany zgodnie z umową o dofinansowanie, regulacjami pomocy publicznej i czy dotacja jest wykorzystana zgodnie z przeznaczeniem. Zmieniające się i często niejasne regulacje, niespójna praktyka osób kontrolujących oraz zaniedbywanie przez beneficjentów rozliczania przyznanej dotacji często kończą się zastrzeżeniami. To zaś może oznaczać konieczność zwrotu dotacji.
[srodtytul]Sprawdzanie przez pięć lat[/srodtytul]
Kontrole mogą być prowadzane zarówno w trakcie realizacji projektu, jak również do pięciu lat po jego zakończeniu.
Do ich przeprowadzania uprawnionych jest kilka instytucji, m.in.: instytucje wdrażające (np. Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, Ministerstwo Gospodarki), instytucja zarządzająca (Ministerstwo Rozwoju Regionalnego), instytucja płatnicza (Ministerstwo Finansów), Urząd Kontroli Skarbowej, Najwyższa Izba Kontroli czy wreszcie sama Komisja Europejska. Kontrola obejmuje m.in. sprawdzenie faktur, dokumentacji przetargowej, ofert itp.
W trakcie kontroli przedsiębiorca powinien przygotować niezbędne dokumenty, o które mogą prosić kontrolujący, m.in. dokumentację aplikacyjną, umowę o dofinansowanie, dokumentację przetargową, oferty od kontrahentów, faktury zakupu itp.
