Ostateczny wybór sposobu finansowania może mieć kluczowe znaczenie dla powodzenia całego przedsięwzięcia.
Zanim przedsiębiorca odpowie sobie na to pytanie, musi rozważyć kilka kwestii. Przede wszystkim, czy ma zaplecze finansowe rozumiane zarówno jako środki własne firmy, jak i kapitał pochodzący od właścicieli. Przedsiębiorstwa, które nim nie dysponują, nie mają w zasadzie wyboru – muszą skoncentrować się na zewnętrznych źródłach finansowania. Natomiast firmy mogące sięgnąć do zasobów udziałowców powinny rozważyć optymalną formę, w jakiej takie zasilenie miałoby nastąpić. W przypadku spółek kapitałowych będzie to najczęściej pożyczka oraz podniesienie kapitału podstawowego. Rzadszą, ale na pewno wartą rozważenia formą jest dopłata do kapitału rezerwowego. Jej przewaga polega na tym, że, zwiększając z jednej strony kapitał własny firmy, z drugiej nie ponosimy kosztów związanych z pożyczką. Ponadto zwiększenie udziału kapitału własnego w sumie bilansowej wpływa na podniesienie wiarygodności firmy wobec instytucji finansowych i konsekwentnie wobec instytucji oceniającej wniosek o dotację. Z drugiej strony oznacza jednak niższy zwrot z kapitału własnego (ROE), czyli jego mniejszą efektywność.
Udzielenie pożyczki przez udziałowca lub akcjonariusza budzi szereg obaw. Pożyczka zwiększa kapitał obcy, a w przypadku ogłoszenia upadłości spółki w terminie dwóch lat od zawarcia umowy pożyczki staje się wkładem do spółki, czyli służy zabezpieczeniu roszczeń wierzycieli.
Dużo firm, pomimo możliwości skorzystania z własnego zaplecza finansowego, zdecyduje się zapewne na sfinansowanie przynajmniej części inwestycji za pomocą kredytu lub leasingu. Takie działanie powinny rozważyć firmy, które są pewne swej pozycji w negocjacjach z bankami (firmami leasingowymi) i nie chcą zdawać się na ocenę wykonywaną przez instytucję oceniającą. Warto zwrócić uwagę, że współfinansowanie inwestycji w kwocie równej lub przekraczającej 30 proc. wartości kosztów kwalifikowanych powoduje, iż kryterium ekonomiczno-finansowe projektu zostanie uznane za spełnione. Współfinansowanie projektu przez bank lub firmę leasingową musi być potwierdzone promesą kredytową lub leasingową albo umową kredytową.
Z formą finansowania nieodłącznie wiąże się okres, na jaki spółka pożycza kapitał. Generalną zasadą, jaką należy się kierować, jest jego maksymalne wydłużenie, oczywiście w granicach rozsądku i przy założeniu, że nie wpływa to znacząco na koszt kredytu. Natomiast minimum, jakie firma powinna starać się osiągnąć, jest zrównoważenie aktywów trwałych i kapitałów stałych. Należy tu zwrócić uwagę, że samo oznaczenie w umowie okresu, na jaki przedsiębiorstwo pożycza kapitał, nie oznacza automatycznie adekwatnego odzwierciedlenia w bilansie. Wystarczy bowiem, że audytor uzna, iż istnieje duże prawdopodobieństwo wystąpienia w najbliższym roku którejś z klauzul rozwiązujących, aby np. cały trzyletni kredyt inwestycyjny pojawił się w zobowiązaniach krótkoterminowych. Zapis budzący zawsze w podobnych sytuacjach najwięcej wątpliwości to klauzula pozwalająca na zerwanie umowy w przypadku pojawienia się znaczących negatywnych zmian w przedsiębiorstwie pożyczkobiorcy, tzw. MAC (material adverse changes).