Nowe przepisy uchwalono przede wszystkim w celu pełnego wdrożenia do polskiego porządku prawnego Ramowej Dyrektywy Wodnej. Powołane zostanie Państwowe Gospodarstwo Wodne Wody Polskie, które będzie zarządzać ogromnym majątkiem. W skład Wód Polskich wchodzić będą cztery do tej pory odrębne instytucje: Krajowy Zarząd Gospodarki Wodnej, regionalne zarządy gospodarki wodnej, zarządy zlewni oraz nadzory wodne.
Zarządy gospodarki wodnej będą przykładowo wydawać większość pozwoleń wodnoprawnych. Niektóre pozwolenia wodnoprawne wydawać będą również zarządy zlewni. Pewne zadania z zakresu gospodarowania wodami wykonywać będą nadal również organy jednostek samorządu terytorialnego (w szczególności starostowie). Będą one miały jednak mniejsze niż obecnie kompetencje. Pozwolenia wodnoprawne będą udzielane przez organy Wód Polskich.