Pomimo przyznania kontrolującym – na mocy przepisów ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej – uprawnienia do wstępu, przebywania i poruszania się w pomieszczeniach przedsiębiorcy, nie mogą oni przeprowadzić przeszukania bez uzyskania stosownej zgody właściwego prokuratora rejonowego.
Podatnik powinien mimo to pamiętać, że w przypadkach niecierpiących zwłoki kontrolujący może przeprowadzić przeszukanie bez uprzedniej zgody prokuratora, gdy istnieją uzasadnione podstawy do przypuszczenia, że dowody znajdują się w miejscu przeszukania. Wydaje się, że ustawodawca chciał, aby w toku kontroli celno-skarbowej znalazły zastosowanie gwarancje zastrzeżone przez kodeks postępowania karnego. Przepisy o przeszukaniu odnoszące się do policji stosuje się bowiem odpowiednio do kontrolujących w toku prowadzonej kontroli celno-skarbowej.