Zmienione wytyczne są stosowana od 1 stycznia 2021 r., natomiast częściowe zawieszenie obowiązywania dotychczasowych wytycznych obowiązuje od 1 lutego 2020 r. i zostaje przedłużone do 31 grudnia 2021 r. także dla najnowszej wersji tego dokumentu. W wyniku nowelizacji wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności na lata 2014–2020 w treści dokumentu wprowadzono następujące zmiany:
? w rozdziale 6.5 wprowadzono odniesienia do ustawy z dnia 11 września 2019 r. Prawo zamówień publicznych (DzU z 2019r., poz. 2019), która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2021r.,