Z takim pytaniem zwrócił się jeden z czytelników "Rzeczpospolitej", który na początku sierpnia zamówił auto i dostał fakturę na zaliczkę, którą od razu uregulował. Pod koniec sierpnia zapłacił resztę, odebrał samochód i otrzymał fakturę końcową (z adnotacją o odjęciu zaliczki).

Krajowa Administracja Skarbowa odpowiedziała, że może odliczyć sumę kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych z tytułu nabycia auta oraz dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem. „Jeżeli z faktury końcowej nie wynika kwota podatku z tytułu wpłaconej zaliczki, to w pliku JPK_VAT z deklaracją należy ująć obydwa dokumenty” - wskazano w odpowiedzi.

Oznacza to, że jeśli w fakturze końcowej jest też podana kwota zaliczki wraz z VAT, to w Jednolitym Pliku Kontrolnym nie trzeba wpisywać faktury zaliczkowej. Eksperci radzą jednak, że bezpieczniejszym rozwiązaniem jest uwzględnienie w ewidencji obu faktur. - Jeśli bowiem okaże się, że w JPK u nabywcy jest wpisana tylko jedna faktura, a u sprzedawcy dwie, to fiskus będzie chciał dowiedzieć się, skąd ta rozbieżność – wyjaśnia w rozmowie z "Rzeczpospolitą" Magdalena Michałowska, doradca podatkowy, właścicielka biura rachunkowego Meritum.

 Trzeba też pamiętać o obowiązującej od 1 września zmianie zasad wystawiania faktur zaliczkowych. Czy wpływa ona na ewidencjonowanie zakupów przez nabywcę?

– Zgodnie z nowymi przepisami sprzedawca nie musi wystawiać faktury zaliczkowej, jeśli dostał zaliczkę w tym samym miesiącu, w którym doszło do transakcji (z pewnymi wyjątkami). Jeśli ją wystawi, to mimo takiego obowiązku, moim zdaniem bezpieczniej jest, żeby nabywca zaewidencjonował obie faktury – mówi Magdalena Michałowska.