Mediacja poprzedza rozpatrzenie skargi przez sąd i jest sposobem na polubowne rozwiązywanie sporu, prowadzące do zawarcia kompromisu. Istotą mediacji jest wyjaśnienie i rozważenie okoliczności faktycznych i prawnych sprawy.
Na wniosek podatnika (skarżącego) lub organu, złożony przed wyznaczeniem rozprawy, może być przeprowadzone postępowanie mediacyjne (art. 115 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi; dalej: ppsa). Celem tego postępowania jest wyjaśnienie i rozważenie okoliczności faktycznych i prawnych sprawy oraz przyjęcie przez strony ustaleń co do sposobu jej załatwienia w granicach obowiązującego prawa.
Posiedzenie takie odbywa się z udziałem stron. Mediacja dotyczy więc decyzji ostatecznych, na które złożono skargę do sądu. Postępowanie mediacyjne przeprowadza się zatem na etapie skargowym, gdzie strony (będące w sporze), czyli podatnik i organ podatkowy stają się równorzędnymi partnerami – stronami.
W mediacji istotna jest jej dobrowolność, bowiem mediacja bez zgody którejkolwiek ze stron nie przyniesie pozytywnych, a więc oczekiwanych efektów. Z kolei bez akceptacji stron mediator będzie skazany na porażkę. Głównym celem postępowania mediacyjnego jest porozumienie się stron co do sposobu załatwienia spornej sprawy (konfliktu) poprzez znalezienie rozwiązania satysfakcjonującego obydwie strony.
Istotny jest jednak wniosek podatnika, który powinien odpowiednio umotywować, z jakich przyczyn żąda przeprowadzenia postępowania mediacyjnego i dlaczego jest to dla niego istotne. Nie każdy wniosek uzasadnia więc przeprowadzenie mediacji. Decyduje o tym sędzia sprawozdawca (referendarza sądowy), który może uznać przeprowadzenie takiego postępowania za konieczne lub nie.
