Wśród osób zajmujących się funduszami unijnymi panuje opinia, że pozyskanie dotacji to poezja, realizacja to proza, a rozliczenie to dramat. Trudności wynikają przede wszystkim z dużej ilości skomplikowanych przepisów, jednak przy zachowaniu staranności i konsekwencji, rozliczenie można przeprowadzić sprawnie.
Jednym z najczęściej spotykanych problemów jest rozbieżność pomiędzy zaplanowanymi kategoriami kosztów a faktycznie poniesionymi nakładami. Dlatego o ułatwienie sobie procesu późniejszego rozliczenia przyznanej dotacji przedsiębiorca powinien się zatroszczyć już na etapie ubiegania się o dofinansowanie. Szczególnie istotne jest dokładne przemyślenie charakteru inwestycji. Ponieważ co do zasady rozliczyć można tylko koszty wskazane we wniosku o dofinansowanie, nakłady należy zaplanować bardzo precyzyjnie. Dotyczy to zarówno projektów inwestycyjnych, jak i szkoleniowych. Jakkolwiek charakter ponoszonych kosztów jest w tych dwóch przypadkach różny, zasada jest ta sama: jeżeli nie przewidzimy jakiegoś nakładu, nie będziemy go mogli rozliczyć. Warto więc poświęcić więcej czasu na staranne zaplanowanie kosztów.
Planowanie powinno uwzględniać nie tylko kategorie, lecz również dokładne określenie cen jednostkowych oraz ilości. Częstym problemem jest niezgodność liczby zakupionych sztuk z zadeklarowaną. Przedsiębiorcom zdarza się zrezygnować z zakupu części urządzeń. Każde odstępstwo od zaplanowanych nakładów oznacza dodatkowe pytania ze strony instytucji wdrażającej. Najprostszym rozwiązaniem jest konsekwentne poniesienie wszystkich nakładów wskazanych w kosztorysie, punkt po punkcie. Jeżeli jednak z różnych względów poniesione nakłady są ilościowo mniejsze niż zaplanowano, należy się liczyć z koniecznością dokładnego wyjaśnienia przyczyn. Dla instytucji wdrażającej najważniejszym parametrem oceny będzie w takiej sytuacji możliwość osiągnięcia celów i wskaźników projektu. Pod uwagę brane będą m.in. takie kwestie, jak pasywny lub aktywny charakter danego nakładu, jego funkcjonalność czy też zastępowalność innymi nabytymi urządzeniami.
Również wysokość poniesionych nakładów nie powinna odbiegać od założonej. Częstym błędem przedsiębiorców jest zakupywanie tańszych rozwiązań. Przy realizowaniu inwestycji objętej dofinansowaniem jest to oszczędność nie w porę, gdyż pomniejsza przyszłą wypłatę uzależnioną od wysokości poniesionych nakładów, a jednocześnie stwarza problem przy rozliczeniu. Różnica w kosztach do 10 proc., mogąca wynikać ze zmian cen lub upustów, jest dopuszczalna i nie zagraża rozliczeniu. Natomiast większe rozbieżności pomiędzy zaplanowanymi a poniesionymi kosztami mogą być dla instytucji wdrażającej podstawą do stwierdzenia, że budżet projektu jest przeszacowany. Jeżeli obniżenia kosztów nie da się uzasadnić czynnikami zewnętrznymi, których przedsiębiorca nie mógł przewidzieć, instytucja może nawet zerwać umowę.
Przy rozliczaniu dotacji ważne jest odpowiednie dokumentowanie poniesionych kosztów, a zwłaszcza zgodność treści faktury z odpowiednią pozycją kosztorysu. Z dokumentu powinno jasno wynikać, że wskazana pozycja jest tożsama z zawartą we wniosku o dofinansowanie. Jeżeli nie ma możliwości otrzymania takiej faktury, informację uzupełniającą może stanowić specyfikacja dostawcy, potwierdzająca zgodność pozycji na fakturze z kosztorysem zatwierdzonym przez instytucję wdrażającą. Problem ten dotyczy najczęściej dokumentów wystawionych w obcych językach. Konieczne jest wtedy dołączenie tłumaczenia przysięgłego. Jeżeli jednak na fakturze widnieje nazwa modelu urządzenia, a w dokumentacji posługiwaliśmy się określeniem funkcyjnym, potwierdzenie od dostawcy jest niezbędne.