W czerwcu 2007 r. syndyk masy upadłości spółki rozstrzygnął przetarg na sprzedaż nieruchomości. W tym samym miesiącu rada wierzycieli w uchwale wyraziła na nią zgodę. Zgodnie z regulaminem wpłacone przez zwycięzcę wadium zostało zaliczone na poczet ceny. Dlatego jeszcze w czerwcu wystawiono fakturę na kwotę wadium, potraktowaną jako część należności otrzymanej przed wydaniem towaru.

W sierpniu podpisano akt notarialny sprzedaży nieruchomości wraz z jej przekazaniem, a kupujący wpłacił pozostałą część należności. Spółka wystawiła fakturę na kwotę pomniejszoną o wartość otrzymanego i zafakturowanego wadium. Zdaniem kupującego należy jednak skorygować fakturę zaliczkową, a pod datą podpisania aktu notarialnego wystawić fakturę na całą wartość sprzedaży.

Izba skarbowa uznała, że kupujący nie ma racji. Wadium staje się częściową należnością z chwilą pozytywnego zakończenia procedury przetargowej, tj. podjęcia przez radę wierzycieli uchwały wyrażającej zgodę na sprzedaż nieruchomości.

W tej sytuacji wadium zostaje zaliczone na poczet należności jako zaliczka i podlega regułom ustawy o VAT. Dla sprzedawcy powstaje więc obowiązek podatkowy w części obejmującej otrzymaną należność – na zasadach określonych w art. 19 ust. 11 ustawy o VAT.