Założenie programu bonów na innowacje jest proste. Przedsiębiorca za rynek, na którym się porusza, wie, jakie występują na nim trendy i ma pomysł na rozwój własnej firmy, który pozwoli utrzymać lub zwiększyć jej konkurencyjność. To, czego może mu brakować, to doświadczenie, wiedza i zasoby niezbędne do tego, aby ten pomysł przekuć na nowy lub zmodernizowany produkt, unowocześnioną usługę, czy ogólnie poprawienie i unowocześnienie swojej oferty. Tym z kolei mają dysponować jednostki badawcze, naukowe lub inni przedsiębiorcy, którzy z prowadzenia badań i prac rozwojowych na zlecenie innych podmiotów uczynili sens swojego istnienia. Program bon na innowacje ma połączyć te dwa środowiska: przedsiębiorców, którzy chcą się rozwijać i jednostek dysponujących zasobami do prowadzenia badań i prac rozwojowych.