Ochrona sygnalisty rozciąga się również na postępowanie sądowe. Jeśli będzie działał w dobrej wierze, a spotkają go działania odwetowe, to na pracodawcy będzie ciążył ciężar dowodu, iż jego działania nie miały na celu odwetu.
Wygląda ponadto, że sygnalista będzie mógł wnioskować w sądzie o udzielenie zabezpieczenia. Ta instytucja polega na tym, że sąd na wniosek uprawnionego nakazuje pracodawcy dalsze zatrudnianie pracownika do czasu prawomocnego zakończenia postępowania. Pracownik ma prawo złożyć taki wniosek na każdym etapie postępowania, a sąd w zasadzie nie ma możliwości odmówić udzielenia zabezpieczenia, jeśli wnioskujący uprawdopodobni istnienie roszczenia. Instytucja ta służy do ochrony pracowników szczególnie chronionych przed niespodziewanym zwolnieniem. O ile jednak w przypadku ciężarnej kobiety czy pracownika w wieku przedemerytalnym nie ma wątpliwości, że to pracownicy szczególnie chronieni, o tyle sytuacja sygnalisty nie jest tak oczywista. To co do jego statusu może się bowiem toczyć spór w sądzie.