Zatem z treści art. 87 ust. 6 ustawy o VAT w związku z art. 22 ust 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej można wnioskować, że w przypadku dokonywania zapłaty w związku z transakcją, której wartość przekracza 15 000 euro, nie jest możliwe dokonanie zapłaty kontrahentowi poprzez wręczenie gotówki. Przepis nie wyklucza wprost innych form zapłaty, które zapewnią wygaśnięcie zobowiązań między stronami.
W świetle tych regulacji należy zauważyć, że w orzecznictwie mamy już wskazanie, że zobowiązanie wygasa przede wszystkim poprzez jego spełnienie. „Należy mieć na uwadze również taką okoliczność, że zobowiązanie pieniężne wygasa także poprzez kompensację (potrącenie) wzajemnych wierzytelności, a więc instytucją prawa cywilnego przewidzianą w art. 498 kodeksu cywilnego.
W przypadku wzajemnej kompensacji zobowiązań strony nie otrzymują co prawda należnych im świadczeń, ale wskutek zaliczenia wierzytelności jednej z nich na poczet wierzytelności drugiej, każda ze stron zostaje zwolniona ze swego długu, co pozwala uznać ich długi za spłacone. Tym samym potrącenie, jako sposób wygaszenia stosunku zobowiązaniowego, uznaje się za równoważny zapłacie" (wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z 7 czerwca 2011 r., I SA/Gd 388/11).
Warto również zaznaczyć, że Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 2 czerwca 2011 r. (I FSK 1075/10) zajął podobne stanowisko, opowiadając się za „prawem do zwrotu różnicy podatku w terminie skróconym również w przypadku, gdy zobowiązanie wygasło wskutek potrącenia (kompensaty)".
Nie powinno być zatem przeszkód do przyjęcia, że formą zapłaty może być także kompensata. Zgodnie z dotychczasowym orzecznictwem, taki sposób rozliczania wzajemnych należności przedsiębiorców nie będzie naruszeniem dyspozycji zawartej w art. 22 ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Natomiast wątpliwości interpretacyjne mogą się pojawić w związku z formą zapłaty w postaci przejęcia długu zbywcy.
W konsekwencji, zanim podatnik zwróci się o przyśpieszony zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, powinien zweryfikować, czy spełniony jest warunek zapłaty całości należności z faktury wskazanej w tych przepisach i czy jest on zgodny z obowiązującym prawem cywilnym.