Kwestią budzącą wątpliwości oddziałów zagranicznych przedsiębiorców jest różnica występująca pomiędzy wysokością kosztu bezpośredniego pozyskanych towarów a podstawą opodatkowania VAT w przypadku przemieszczenia ze spółki macierzystej. Z jednej bowiem strony, w przypadku spółek dokonujących przemieszczenia wewnątrzwspólnotowego konieczne jest zastosowanie regulacji krajowych ustaw o podatku od wartości dodanej, z drugiej zaś dostosowanie się do wymogów stawianych przez umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania oraz ustaw o podatkach dochodowych.
Ustawy o podatku od wartości dodanej powinny być co do zasady spójne z Dyrektywą 2006/112/WE. W art. 83 przewiduje ona, że w odniesieniu do wewnątrzwspólnotowego nabycia w wyniku przemieszczenia towarów w ramach przedsiębiorstwa danego podatnika do innego państwa członkowskiego, podstawą opodatkowania jest cena nabycia towarów lub towarów podobnych lub, w przypadku braku ceny nabycia, koszt wytworzenia, określone w momencie dostawy. Przepis ten jest adekwatny do regulacji art. 76 Dyrektywy 2006/112/WE, która określa podstawę opodatkowania w takim przypadku w kraju dokonania wewnątrzwspólnotowej dostawy.
Polski ustawodawca, w celu odzwierciedlenia art. 86 Dyrektywy 2006/112/WE, wprowadził do polskiego systemu prawnego art. 31 ust. 5 ustawy o VAT. Wskazuje on na konieczność ustalenia ceny nabycia towarów, a w przypadku braku ceny nabycia – kosztu ich wytworzenia, określonych w momencie nabycia, a także odpowiedniego stosowania art. 31 ust. 2 i 3 ustawy o VAT.
Wysokość podstawy opodatkowania VAT będzie się zatem różnić od wysokości kosztu pozyskania towaru od spółki macierzystej. Koszt sprzedanych towarów powinien bowiem uwzględniać dodatkowe obciążenie na rzecz spółki macierzystej wynikające z przepisów umów o unikaniu podwójnego opodatkowania i ustaw o podatku dochodowym. Natomiast na gruncie ustawy o VAT podstawa opodatkowania towarów przemieszczanych w ramach danego przedsiębiorstwa nie powinna być np. powiększana o przypisywaną spółce macierzystej wysokość udziału w zysku na sprzedaży generowanej przez oddział.
Pogląd ten zdaje się potwierdzać zmiana przepisów ustawy o VAT od 1 stycznia 2014 r. Zgodnie z wprowadzonym art. 30a ust. 2, do ustalenia podstawy opodatkowania wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów w przypadku ich przemieszczenia w ramach jednego przedsiębiorstwa zastosowanie znajdzie art. 29a ust. 2 ustawy o VAT.
Oznacza to, że podstawą opodatkowania będzie cena nabycia towarów lub towarów podobnych względnie koszt ich wytworzenia określony w momencie dostawy tych towarów. Zgodnie z uzasadnieniem do zmian w ustawie „(...) proponowane brzmienie zasad określania podstawy opodatkowania wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów precyzyjniej odzwierciedla zasady przyjęte w dyrektywie 2006/ 112/WE".
