Stanowisko w sprawie opodatkowania PIT abonamentów medycznych długo nie było ustalone. Część organów podatkowych uważała, iż po wykupieniu takich usług dla pracownika otrzymuje on przychód z nieodpłatnych świadczeń, który należy opodatkować. Niektóre sądy zajmowały inne, korzystne dla podatnika stanowisko. Sprawa trafiła do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który 24 kwietnia 2010 r. stwierdził w uchwale, że „... pakiety wykupione przez pracodawcę dla pracowników mieszczą się w pojęciu nieodpłatne świadczenie...".
Uzupełnić składki na ZUS
Kontrowersje w kwestii tego podatku nie zniknęły, dlatego 5 października 2010 r. ponownie zostało skierowane pytanie do siedmioosobowego składu sędziowskiego. 24 października 2011 r. NSA wydał kolejną uchwałę potwierdzającą niekorzystne dla podatnika stanowisko, iż wykupione przez pracodawców pakiety świadczeń medycznych powinny być opodatkowane, gdyż dla pracowników stanowią tzw. nieodpłatne świadczenie.
W konsekwencji firmy zaczęły opodatkowywać abonamenty medyczne.
Powołana uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego ma także odniesienie do opłacania składek na ubezpieczenia społeczne. Podstawą ich wymiaru jest przychód, o którym mowa w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych. Jeżeli zatem płatnik wcześniej nie uwzględniał w podstawie wymiaru składek opłacanych pracownikom pakietów medycznych, to powinien sporządzić i przesłać korekty do Zakładu Ubezpieczeń Społecznych, a następnie wyrównać niedopłatę wszystkich należności, w tym składek społecznych, zdrowotnej, oraz uiścić odsetki za zwłokę od nieterminowej wpłaty.
Co z tym VAT
Nowelizacja ustawy o VAT z 1 stycznia 2011 r. uregulowała kwestię wykupywania abonamentów medycznych dla pracowników i w konsekwencji rozszerzyła zwolnienie z VAT tego rodzaju usług.