Natomiast specyfiką przekształcenia działalności gospodarczej jest współistnienie obu podmiotów po przekształceniu, bowiem byt osoby fizycznej jako podmiotu praw i obowiązków nie ustaje, choć sam przedsiębiorca zostaje wykreślony z ewidencji działalności gospodarczej, a efektem przekształcenia jest przejście przedsiębiorstwa na nabywcę.
Niezależnie od podejścia przekształcenie działalności gospodarczej pozostaje poza zakresem opodatkowania VAT. Nie jest żadną z czynności opodatkowanych (dostawą towarów ani świadczeniem usług), a jeśli przyjąć, że mamy tu do czynienia ze zbyciem majątku przedsiębiorstwa, to takie zbycie wprost zostało wyłączone z zakresu opodatkowania w art. 6 pkt 1 ustawy o VAT.
Przepis ten, który jest wdrożeniem art. 19 dyrektywy 2006/112, mówi: „W przypadku przekazania, odpłatnie lub nieodpłatnie lub jako aportu do spółki całości lub części majątku, państwa członkowskie mogą uznać, że dostawa towarów nie miała miejsca i że w takim przypadku osoba, której przekazano towary, będzie traktowana jako następca prawny przekazującego”.
Pytanie o zgodność z dyrektywą
Oczywiście przytoczony przepis dyrektywy może, ale nie musi zostać wprowadzony przez państwa członkowskie. Jego treść wskazuje jednak, że jeśli już zostanie wprowadzony, nabywca przedsiębiorstwa powinien być traktowany jako następca prawny osoby przekazującej przedsiębiorstwo. Ma to zagwarantować kontynuację odliczeń i zwrotów VAT między podatnikiem zbywającym przedsiębiorstwo a podatnikiem je nabywającym, i tym samym realizację zasady neutralności VAT.
Choć polska ustawa o VAT wprost wyłącza opodatkowanie zbycia przedsiębiorstwa, to jednocześnie nie wprowadzono regulacji zapewniających sukcesję praw i obowiązków w zakresie VAT. Za taką nie można bowiem uznać art. 91 ust. 9 ustawy o VAT, który jedynie zobowiązuje nabywcę przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części do dokonywania stosownych korekt odliczenia VAT. Można mieć zatem wątpliwości co do prawidłowości wdrożenia przepisów dyrektywy do polskich przepisów o VAT.