Brzmienie wskazanych przepisów o VAT powoduje, że w praktyce organy podatkowe często odmawiają podatnikom prawa do odliczenia VAT naliczonego z faktur wystawionych przez podmioty, które nie były formalnie zarejestrowanie jako czynny podatnik VAT. Dzieje się tak bez względu na to, czy konkretna transakcja rzeczywiście wystąpiła i czy wystawca faktury spełnia obiektywne przesłanki uznania go za podatnika (nawet jeśli formalnie nie jest zarejestrowany jako podatnik VAT).
Fiskus twierdzi przy tym, że wspomniane wcześniej przepisy nie przewidują wyjątków co do ich stosowania, również w sytuacji, gdy podatnik nie był świadomy braku uprawnień kontrahenta do wystawienia faktury (podatnik miał bowiem prawo sprawdzić w organach podatkowych, czy wystawca faktury był zarejestrowanym podatnikiem VAT).
[srodtytul]... innego zdania są sądy [/srodtytul]
W ostatnim czasie pojawiło się jednak wiele wyroków sądów administracyjnych wskazujących, że przepisy obowiązujące w polskiej ustawie o VAT, które ograniczają prawo do odliczenia VAT naliczonego w analizowanych sytuacjach, nie wynikają z regulacji europejskich. [b]Tak stwierdził m.in. NSA w wyroku z 5 grudnia 2008 r. (I FSK 1581/07), WSA we Wrocławiu w wyroku z 20 marca 2007 r. (I SA/Wr 1625/06), WSA w Warszawie w wyrokach z 29 maja 2007 r. (III SA/Wa 159/07) oraz z 21 października 2008 r. (III SA/Wa 1098/08), WSA w Gdańsku w wyrokach z 12 czerwca 2007 r. (I SA/Gd888/06) oraz z 7 sierpnia 2007 r. (I SA/Gd 532/07).[/b]
[b]Orzeczenia te wyraźnie wskazują na konieczność interpretacji prawa krajowego z uwzględnieniem przepisów prawa wspólnotowego oraz orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. [/b]
W tym kontekście wyroki sądów administracyjnych potwierdzają, że ewentualne pozbawienie podatnika prawa do odliczenia VAT wyłącznie z tego powodu, że jego kontrahent, działając faktycznie w charakterze podatnika VAT, formalnie się nie zarejestrował dla celów VAT, jest nieuzasadnione. Jeśli bowiem dana czynność (np. usługa) została rzeczywiście wykonana i wykonawcę obiektywnie można uznać za podmiot działający w charakterze podatnika VAT, to nabywca ma prawo do odliczenia zapłaconego VAT (istotny jest jedynie materialny, a nie formalny status wystawcy faktury).