Organy podatkowe uważają, że dodatnia wartość firmy, która ujawnia się przy zbyciu zorganizowanej części przedsiębiorstwa, powinna być na gruncie ustawy o VAT uznana za usługę świadczoną przez zbywcę na rzecz nabywcy. W ich ocenie nabywca zorganizowanej części przedsiębiorstwa, obok składników majątkowych i niemajątkowych, uzyskuje także wymierną korzyść, taką jak określona renoma, klientelę, doświadczonych pracowników itp. Poglądy takie były wyrażane przykładowo w interpretacjach Izby Skarbowej w Warszawie z 28 kwietnia 2006 r. (1401/HTI/4407/14-42/05/ EN) oraz z 7 stycznia 2008 r. (1401/ PH-II/4407/14-36/07/BT/ PV-II).
Przyjęcie takiego poglądu za prawidłowy powodowałoby określone konsekwencje w zakresie rozliczeń VAT. Przy sprzedaży zorganizowanej części przedsiębiorstwa należałoby bowiem – w ocenie fiskusa – zastosować podstawową stawkę podatku do wartości firmy, wyszczególniając ją na fakturze. Z kolei w przypadku aportu organy podatkowe uważają, że wartość ta wpływa na proporcję częściowego odliczenia podatku naliczonego. Twierdzą bowiem, że wniesienie wkładu niepieniężnego, w tym również w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa, podlega zwolnieniu przedmiotowemu z VAT. Wprawdzie przy obliczaniu proporcji częściowego odliczenia podatku naliczonego nie uwzględnia się np. wartości sprzedaży środków trwałych podlegających amortyzacji, transakcji dotyczących nieruchomości oraz usług finansowych, jednak goodwill nie została wśród tych wyjątków wskazana. Nie da się jej również zakwalifikować do którejś z transakcji wskazanych jako czynności, które powinny być pominięte przy obliczaniu współczynnika.
W konsekwencji, zdaniem organów podatkowych, dodatnia wartość firmy musi być uwzględniona przy obliczaniu proporcji częściowego odliczenia podatku naliczonego, jako wartość czynności niedających prawa do odliczenia podatku naliczonego.
Stanowisko takie należy uznać za nieprawidłowe.
Przede wszystkim zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa nie prowadzi do przeniesienia goodwill, bowiem dopiero z dokonaniem takiej transakcji wartość ta powstaje i można ją wymiernie określić. Inaczej mówiąc, nie można zbyć wartości firmy, bowiem bez zbycia przedsiębiorstwa (jego zorganizowanej części) ta wartość nie istnieje. De facto pojawi się ona dopiero u nabywcy, bowiem to on gotowy jest uiścić wyższą cenę za zorganizowany zbiór składników majątkowych, niż wynosi suma wartości tych składników.