Dziś na gruncie polskiego prawa z tego wyłączenia korzysta jedynie zbycie całego przedsiębiorstwa lub oddziału samodzielnie sporządzającego bilans. Ministerstwo Finansów postanowiło wyeliminować wskazywaną przez doradców podatkowych niezgodność z dyrektywą VAT (2006/112). Dzisiejszy przepis art. 6, dotyczący zbycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa, jest niezgodny z prawem wspólnotowym w części, w jakiej uzależnia możliwość wyłączenia z VAT od sporządzenia bilansu
.
Zgodnie z projektem, aby nabywca przedsiębiorstwa mógł skorzystać z tego wyłączenia, muszą być spełnione dwa warunki. Po pierwsze – sam musi być (lub stać się) podatnikiem. Po drugie – musi przejąć od zbywcy prawa i obowiązki, jak choćby możliwość dokonania korekty deklaracji podatkowych. Na gruncie ordynacji podatkowej jedyną transakcją, która teraz spełnia oba warunki, jest podział przedsiębiorstwa przez wydzielenie. Z wyłączenia w zapłacie podatku nie będzie więc można skorzystać przy wniesieniu aportu i zwykłej sprzedaży zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Nie wiąże się to bowiem z przekazaniem praw i obowiązków. W efekcie taka transakcja będzie podlegała VAT. Pytanie jednak, czy przepis ten nie będzie w dalszym ciągu zbyt restrykcyjny, eliminując z możliwości wyłączenia z opodatkowania transakcje inne niż podział przez wydzielenie.
W projekcie zmodyfikowano także warunki korzystania z uproszczenia dla magazynów konsygnacyjnych. Towary sprowadzane do magazynu w Polsce będą mogły być przeznaczone jedynie do działalności produkcyjnej lub usługowej, z wyłączeniem handlowej. Stracą więc na tym np. sieci supermarketów, które nabywają towary od zagranicznych dostawców. Oznacza to, że w dalszym ciągu będą musiały się rejestrować i płacić VAT od towarów dostarczanych do kraju.
Obecnie firma zagraniczna, sprowadzając towary do magazynu, musi wykazać wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów. Gdy sprzeda towar podmiotowi polskiemu, musi wystawić fakturę i odprowadzić należny podatek do urzędu skarbowego. Nabywca tego towaru odlicza podatek naliczony zapłacony przy kupnie towarów z magazynu. Dzisiejszy mechanizm rozliczania tego typu transakcji sprzyja panoszącym się obecnie w Europie tzw. przestępstwom karuzelowym. Polegają one na tym, że firmy sprowadzające towary z innego kraju Wspólnoty sprzedają go lokalnym firmom i otrzymują podatek należny jako część ceny. Następnie nie płacą VAT do urzędu skarbowego i znikają. Z kolei nabywca odlicza sobie naliczony podatek. W efekcie traci państwo, bo urząd skarbowy musi zwrócić pieniądze.
Tak więc zmiana polegająca na tym, że do magazynów konsygnacyjnych nie będą mogły trafić towary przeznaczone na cele handlowe, ma ograniczyć przestępczość karuzelową.