Kontrola ta rozpoczyna się, co do zasady, w momencie doręczenia upoważnienia do jej przeprowadzenia (są wyjątki). Pracownik urzędu musi też okazać legitymację służbową. Formalności te załatwia z kontrolowanym albo z reprezentującą go osobą. Przedstawicieli fiskusa nie musimy bowiem podejmować osobiście.
Reprezentanta trzeba zgłosić pisemnie naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym. Jeżeli tego nie zrobimy, po wszczęciu kontroli musimy wskazać przedstawiciela na czas naszej ewentualnej nieobecności.
Upoważnienie kontrolera określa zakres kontroli. Jeżeli więc mówi ono o sprawdzaniu VAT, to nie można przy okazji weryfikować podatku dochodowego.
Jeśli w firmie nie ma podatnika albo jego przedstawiciela, kontroler wysyła mu wezwanie. Osoba ta powinna się stawić w miejscu kontroli po upływie siedmiu dni od dnia jego doręczenia. Jeśli zainteresowany się nie zjawi, po tym terminie kontrola i tak się rozpocznie. Chyba że nie ma takiej fizycznej możliwości, np. kontrolujący nie może dostać się do dokumentów.
Podatnik ma prawo uczestniczyć w czynnościach kontrolnych – osobiście bądź przez wskazaną osobę. Może też wnioskować o przeprowadzenie dowodu, np. przesłuchania świadka, zasięgnięcia opinii biegłego. Kontrolerzy powinni ten wniosek uwzględnić, jeżeli ma znaczenie dla sprawy. Jeśli tego nie zrobią, mamy podstawę do uchylenia ich rozstrzygnięcia.
