Kontrola ta rozpoczyna się, co do zasady, w momencie doręczenia upoważnienia do jej przeprowadzenia (są wyjątki). Pracownik urzędu musi też okazać legitymację służbową. Formalności te załatwia z kontrolowanym albo z reprezentującą go osobą. Przedstawicieli fiskusa nie musimy bowiem podejmować osobiście.
Reprezentanta trzeba zgłosić pisemnie naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu w sprawie opodatkowania podatkiem dochodowym. Jeżeli tego nie zrobimy, po wszczęciu kontroli musimy wskazać przedstawiciela na czas naszej ewentualnej nieobecności.
Upoważnienie kontrolera określa zakres kontroli. Jeżeli więc mówi ono o sprawdzaniu VAT, to nie można przy okazji weryfikować podatku dochodowego.
Jeśli w firmie nie ma podatnika albo jego przedstawiciela, kontroler wysyła mu wezwanie. Osoba ta powinna się stawić w miejscu kontroli po upływie siedmiu dni od dnia jego doręczenia. Jeśli zainteresowany się nie zjawi, po tym terminie kontrola i tak się rozpocznie. Chyba że nie ma takiej fizycznej możliwości, np. kontrolujący nie może dostać się do dokumentów.
Podatnik ma prawo uczestniczyć w czynnościach kontrolnych – osobiście bądź przez wskazaną osobę. Może też wnioskować o przeprowadzenie dowodu, np. przesłuchania świadka, zasięgnięcia opinii biegłego. Kontrolerzy powinni ten wniosek uwzględnić, jeżeli ma znaczenie dla sprawy. Jeśli tego nie zrobią, mamy podstawę do uchylenia ich rozstrzygnięcia.
Kontrola kończy się w dniu doręczenia protokołu. W ciągu 14 dni możemy złożyć do niego zastrzeżenia i wyjaśnienia oraz wskazać nowe dowody. Urząd musi się ustosunkować do naszych wątpliwości (ma na to 14 dni). Jeśli nie skorzystamy z tego przywileju, przyjmuje się, że nie kwestionujemy ustaleń kontroli.
Do końca zeszłego roku protokół zawierał tylko opis stanu faktycznego. Trudno więc było na jego podstawie wywnioskować, czy postąpiliśmy prawidłowo, czy też nie. Od 1 stycznia musi się w nim znaleźć także ocena prawna oraz pouczenie o prawie do korekty deklaracji.
Po zakończeniu kontroli przedsiębiorca ma czas na korektę deklaracji. Dzięki temu uniknie odpowiedzialności karnej skarbowej.
