Decyzja ostateczna może być uchylona lub zmieniona także w wyniku wznowienia postępowania. Możliwe jest również jej uchylenie lub zmiana przez organ, który ją wydał.

Stwierdzenie nieważności, wznowienie, uchylenie lub zmiana decyzji określane są jako nadzwyczajne środki prawne. Zmierzają bowiem do weryfikacji decyzji ostatecznych. Przyczyną stwierdzenia nieważności takiej decyzji są jej błędy spowodowane głównie wadliwym zastosowaniem przepisów lub ich zignorowaniem (art. 247 – 257 ordynacji podatkowej, dalej op). Z kolei wznowienie postępowania uzasadniają błędy i wady samej procedury (art. 240 – 246 op). Kolejna możliwość to zmiana lub uchylenie decyzji ostatecznej przez organ, który ją wydał (wtedy, gdy przemawia za tym interes społeczny lub ważny interes podatnika, art. 253 – 256 op).

Podważenie ostatecznych decyzji podatkowych na skutek wznowienia postępowania albo stwierdzenia nieważności ma duże znacznie. Pozwala bowiem wystąpić przeciwko Skarbowi Państwa o odszkodowanie za szkodę wyrządzoną wydaniem decyzji (na podstawie art. 417 kodeksu cywilnego).

Decyzje mogą być unieważnione z powodu stwierdzenia ich nieważności, i to bez względu na to, czy wniesiono od nich odwołanie i czy były przedmiotem skargi do sądu administracyjnego. Rezultatem stwierdzenia nieważności jest uchylenie kwestionowanej decyzji. Oznacza to, że wada powodująca ten skutek istniała już w momencie jej wydania. Decyzja stwierdzająca nieważność działa w tym znaczeniu wstecz (wyrok NSA z 20 grudnia 2005 r., II FSK 275/05).

Najczęstszym powodem unieważnienia jest brak podstawy prawnej decyzji (postanowienia) i rażące naruszenie prawa. W pierwszym wypadku chodzi o sytuacje, gdy decyzja nie ma oparcia w żadnym przepisie, który uzasadniałby rozstrzygnięcie na gruncie danego stanu faktycznego (wyrok WSA w Warszawie z 8 listopada 2005 r., III SA/Wa 2548/05). Nie wystarczy więc sama wada polegająca na braku powołania się w tekście decyzji na podstawę prawną czy na błędnym wskazaniu przepisu (wyrok NSA z 30 marca 2006 r., I FSK 763/05).

Za niemające podstawy prawnej uważa się m.in. decyzje wydane w sytuacji, gdy obowiązek albo uprawnienie w niej określone wynika z mocy samego prawa, gdy prawo nie wymaga takiej formy działania, gdy decyzja rozstrzyga sprawę cywilnoprawną albo gdy wykroczyła poza granice określone przepisem.

Jako podstawa wniosku o stwierdzenie nieważności decyzji najczęściej wskazywane jest rażące naruszenie prawa. Sądy administracyjne w wydawanych przez siebie orzeczeniach wskazują takie uchybienia, a wśród nich:

- Nieprawidłowe zastosowanie zasad ogólnych postępowania na szkodę strony,

- Sprzeczność między rozstrzygnięciem a treścią przepisu,

- Przekroczenie ram wyznaczonych przez przepis dla uznania administracyjnego lub swobodnej oceny,

- Wydanie decyzji odmownej, choć istnieją tylko przesłanki korzystne dla strony,

- Pozytywne załatwienie sprawy wbrew zakazowi praw-nemu,

- Powstanie skutków nie do pogodzenia z wymaganiami praworządności,

- Wydanie decyzji przez organ kolegialny w niewłaściwym składzie.

Nie sposób wymienić wszystkich sytuacji, które trzeba byłoby zakwalifikować jako rażące naruszenie prawa, ani podać jakiejś definicji. W praktyce wątpliwości może też powodować ocena, czy dane naruszenie prawa jest już „rażące”, czy jeszcze nie. Na pewno nie należą do nich błędy rachunkowe w decyzji (wyrok z 24 stycznia 2007 r., II FSK 7/06). Te mogą być skorygowane na żądanie strony albo z własnej inicjatywy organu podatkowego stosownie do art. 215 op.

Sądy administracyjne przyjmują, że nie stanowi rażącego naruszenia prawa pociągającego za sobą nieważność to, że w decyzji organ podatkowy zastosował inną interpretację przepisu niż przyjęta potem za prawidłową w innej sprawie przez inny organ czy sąd administracyjny. Nie można mówić o rażącym naruszeniu prawa, jeżeli przepis był niejasny. Potwierdzenie tego można znaleźć w wielu orzeczeniach sądów administracyjnych. Przykładowo w wyroku z 20 października 2006 r. (II FSK 113/06) NSA wyjaśnia, że rażący to dający się łatwo stwierdzić, wyraźny, oczywisty, niewątpliwy, bezsporny, bardzo duży. Takie znaczenie pojęcia rażące naruszenie prawa – zdaniem NSA – powoduje, że stwierdzenie nieważności może nastąpić w wypadku zastosowania normy prawnej, której znaczenie daje się ustalić w sposób niewątpliwy, bezsporny. Nie może być zatem podstawą do takiego działania przepis, co do którego są istotne rozbieżności w orzecznictwie sądowym (wyrok NSA z 8 grudnia 2005 r., II FSK 27/05). Sąd odmówił unieważnienia decyzji opartej na interpretacji odmiennej niż przyjęta potem w uchwale składu siedmiu sędziów NSA.

Jego zdaniem nie należą do rażących naruszenia przepisów proceduralnych, jeśli wydana decyzja mimo tych uchybień odpowiada prawu.

Postawienie zarzutu rażącego naruszenia prawa musi być przy tym związane z konkretnym przepisem, którego treść nie budzi wątpliwości, a interpretacja w zasadzie nie wymaga sięgania po inne metody wykładni poza językową (wyrok NSA z 28 stycznia 2005 r., FSK 1371/04). Z kolei w wyroku z 2 lutego 2006 r. (I FSK 439/055) NSA zaznaczył, że nie może być taką podstawą przyjęta w decyzji wykładnia prawa, co do której istnieje spór w orzecznictwie, i to nie tylko co do pojedynczej normy prawnej, ale co do podstaw instytucji prawnej i gdy różne sposoby interpretacji dają się uzasadnić z jednakową mocą.

W szczególnych przypadkach, mimo wad powodujących nieważność decyzji, organ podatkowy musi odmówić jej stwierdzenia (art. 247 § 2 op). Obowiązany jest tak postąpić w sytuacjach przewidzianych w art. 68 i 70 op, a więc gdy nowa decyzja byłaby wydana po upływie terminów przedawnienia prawa do wydania decyzji podatkowej albo samego podatku.

Mimo istnienia przesłanek nieważności, nie można jej stwierdzić, po pierwsze, gdy upłynęło pięć lat, licząc od końca roku, w którym powstał obowiązek zapłacenia podatku albo minął termin jego płatności. Po drugie, decyzja o stwierdzeniu nieważności musi być odmowna, gdy sprawa dotyczy podatku płatnego dopiero po wydaniu decyzji podatkowej (np. od spadków i darowizn), a nie doręczono jej w ciągu trzech lat od końca roku, w którym powstał obowiązek zapłacenia podatku. Jeśli jednak nie złożono wymaganej deklaracji podatkowej albo nie ujawniono w niej wszystkich danych niezbędnych do wymierzenia podatku, przedawnienie następuje po upływie pięciu lat, licząc od końca roku, w którym powstała powinność zapłacenia podatku.

W decyzji odmownej uzasadnionej upływem terminów przedawnienia musi znaleźć się stwierdzenie, że zawiera ona wady, które inaczej pociągnęłyby za sobą nieważność. Należy też w niej wskazać okoliczności uniemożliwiające stwierdzenie nieważności. Oparta na art. 247 § 2 op odmowa stwierdzenia nieważności z powodu przedawnienia ma formę decyzji, od której można się oczywiście odwołać.

Art. 249 op wskazuje przykładowo dwie sytuacje, w których organ podatkowy odmawia wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji. Sugeruje to, że decyzja odmowna musi zapaść także w innych wypadkach, np. gdy kwestionowana decyzja nie stała się jeszcze ostateczna.

Bez względu na ewentualną przesłankę nieważności organ podatkowy odmówi wszczęcia postępowania o stwierdzenie nieważności wtedy, gdy żądanie zgłosimy po upływie pięciu lat od dnia doręczenia kwestionowanej decyzji. Dotyczy to wszystkich sytuacji uzasadniających stwierdzenie jej nieważności.

Taki sam będzie los wniosku o stwierdzenie nieważności, jeżeli sprawa trafiła do sądu administracyjnego i sąd ten oddalił skargę na kwestionowaną w nim decyzję, chyba że żądanie oparte jest na art. 247 § 1 pkt 4 op, a więc gdy decyzja dotyczyła sprawy wcześniej rozstrzygniętej już decyzją ostateczną. Wtedy wyrok NSA nie będzie przeszkodą do rozpatrzenia sprawy.

Art. 249 § 1 pkt 2 op jest często krytykowany. Sąd administracyjny może bowiem przeoczyć nie tylko wadę polegającą na wydaniu decyzji dotyczącej sprawy wcześniej rozstrzygniętej już decyzją ostateczną, ale także inne wady pociągające za sobą sankcję nieważności. Przepis ten uwalnia w rezultacie Skarb Państwa od odpowiedzialności za szkodę wyrządzoną wskutek decyzji obciążonej dyskwalifikującą wadą, powodującą nieważność decyzji.

Dodać trzeba, że op zobowiązuje organ podatkowy do wstrzymania wykonania kwestionowanej decyzji (na wniosek podatnika albo z urzędu), jeśli zachodzi prawdopodobieństwo, że jest ona dotknięta jedną z wad powodujących stwierdzenie nieważności. Chodzi przede wszystkim o zapobieżenie uszczerbkowi majątkowemu, jaki przedsiębiorca może ponieść wskutek wyegzekwowania kwestionowanej decyzji.

Art. 247 op podaje osiem sytuacji, które pociągają za sobą stwierdzenie nieważności decyzji. Stanie się tak, jeśli decyzja:

- została wydana z naruszeniem przepisów o właściwości (np. decyzję wydał nie ten urząd, który powinien),

- wydano ją bez podstawy prawnej,

- była wydana z rażącym naruszeniem prawa (oczywistym bez specjalnych badań),

- dotyczy sprawy już poprzednio rozstrzygniętej inną decyzją ostateczną, a więc narusza podstawową zasadę, że nie można rozstrzygać dwa razy tego samego (np. ponownie nałożono na tę samą osobę obowiązek zapłacenia tego samego podatku),

- została skierowana do osoby niebędącej stroną w sprawie (np. podatkiem od działalności gospodarczej obciążono właściciela lokalu, w którym działalność tę prowadzi najemca, albo pracownika firmy zamiast tej firmy),

- była niewykonalna w dniu jej wydania i jej niewykonalność ma charakter trwały (nie chodzi tu o faktyczne trudności, np. ze ściągnięciem podatku ustalonego w decyzji; powodem niewykonalności musi być sama treść decyzji albo niespełnienie warunku będącego integralną jej częścią),

- zawiera wadę powodującą jej nieważność na mocy wyraźnie wskazanego przepisu prawa,

- jej wykonanie wywołałoby czyn zagrożony karą (przestępstwo, wykroczenie, a także czyn karalny w postępowaniu dyscyplinarnym).