Nie należy jednak zapominać, że nadrzędnym celem wprowadzenia obowiązku składania JPK jest uszczelnienie systemu podatkowego. Co za tym idzie, intencją resortu jest weryfikowanie danych pod kątem ich jakości tak, aby informacje najistotniejsze z punktu widzenia Ministerstwa Finansów były raportowane w sposób poprawny i aby w jak największym stopniu przyczyniały się do walki z wyłudzeniami VAT.
Tym samym, w interesie organów podatkowych nie jest sprawdzanie każdego podatnika od A do Z, co w efekcie dezorganizowałoby pracę urzędów oraz przełożyło się na znaczące zwiększenie kosztów. Poprzez dodatkową weryfikację raportowanych danych po stronie organów podatkowych oraz wskazanie na nieprawidłowości, resort uczy podatników, na co powinni zwracać uwagę przed wysyłką JPK. Ministerstwo Finansów tłumaczy, że tak duża liczba przeprowadzonych czynności sprawdzających w efekcie przełoży się na zmniejszenie liczby interwencji organów podatkowych oraz liczby składanych korekt plików JPK_VAT.